50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5178 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5178  O-antigen polymerase  100 
 
 		 565 aa  1107    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4672  O-antigen polymerase  46.18 
 
 		 503 aa  389  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3942  O-antigen polymerase  46.2 
 
 		 506 aa  343  7e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00471657 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4036  O-antigen polymerase  46.22 
 
 		 516 aa  316  7e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2194  O-antigen polymerase  41.2 
 
 		 582 aa  305  1.0000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.782503 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0844  O-antigen polymerase  40.57 
 
 		 556 aa  293  5e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153781 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3650  O-antigen polymerase  42.24 
 
 		 517 aa  276  7e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.320613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2960  O-antigen polymerase  42.73 
 
 		 517 aa  275  2.0000000000000002e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00194737  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0063  O-antigen polymerase  31.1 
 
 		 531 aa  155  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0639643 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0474  O-antigen polymerase  29.26 
 
 		 595 aa  117  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4780  O-antigen polymerase  28.54 
 
 		 594 aa  106  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.793749  normal  0.179192 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0559  hypothetical protein  27.56 
 
 		 569 aa  105  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.261302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0489  O-antigen polymerase  29.74 
 
 		 605 aa  104  4e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.091013 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0534  O-antigen polymerase  31.25 
 
 		 607 aa  104  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.462274  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2674  O-antigen polymerase  27.1 
 
 		 592 aa  100  8e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2034  O-antigen polymerase  26.89 
 
 		 592 aa  100  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2645  O-antigen polymerase  26.89 
 
 		 592 aa  100  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0980  O-antigen polymerase family protein  27.8 
 
 		 661 aa  97.4  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4673  O-antigen polymerase  28.04 
 
 		 560 aa  96.3  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0817  O-antigen polymerase family protein  27.8 
 
 		 595 aa  95.1  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0821  O-antigen polymerase family protein  27.8 
 
 		 595 aa  95.1  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2397  O-antigen polymerase family protein  27.8 
 
 		 595 aa  94.7  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.233574  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0010  O-antigen polymerase family protein  27.8 
 
 		 595 aa  94.7  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0279  O-antigen polymerase family protein  27.8 
 
 		 595 aa  94.7  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.297863  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2679  O-antigen polymerase family protein  27.8 
 
 		 595 aa  94.7  4e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0650  O-antigen polymerase family protein  27.49 
 
 		 595 aa  93.2  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5972  O-antigen polymerase  27.94 
 
 		 592 aa  92.8  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0743128 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0464  O-antigen polymerase  26.7 
 
 		 590 aa  92  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.325512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0466  O-antigen polymerase  25.2 
 
 		 589 aa  90.9  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.285163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0657  O-antigen polymerase  26.11 
 
 		 593 aa  90.1  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2692  O-antigen polymerase  26.77 
 
 		 592 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.341855  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3288  O-antigen polymerase  25.68 
 
 		 594 aa  83.6  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.709506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2566  O-antigen polymerase  27.47 
 
 		 592 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.968292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0479  O-antigen polymerase  25.36 
 
 		 578 aa  79.3  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.575245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0678  hypothetical protein  25.56 
 
 		 594 aa  77.4  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.206131 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4678  O-antigen polymerase  23.61 
 
 		 556 aa  73.2  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0448  O-antigen polymerase  24.32 
 
 		 596 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.134695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1691  O-antigen polymerase  26.71 
 
 		 512 aa  60.8  0.00000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.121195  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2811  hypothetical protein  26.86 
 
 		 597 aa  60.5  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1264  O-antigen polymerase  27.06 
 
 		 555 aa  56.2  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.339425  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002359  lipid A core-O-antigen ligase  23.99 
 
 		 561 aa  53.5  0.000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03709  hypothetical protein  25.42 
 
 		 594 aa  52  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0456  hypothetical protein  24.09 
 
 		 438 aa  51.2  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2299  hypothetical protein  39.24 
 
 		 424 aa  50.8  0.00007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.590409  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1388  O-antigen polymerase  26.51 
 
 		 452 aa  48.5  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30011  hypothetical protein  45.59 
 
 		 437 aa  46.2  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.562127 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1029  putative O-antigen polymerase, putative membrane protein  27.46 
 
 		 455 aa  45.1  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.384191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1297  hypothetical protein  29.47 
 
 		 444 aa  45.4  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.289978  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1077  O-antigen polymerase  22.02 
 
 		 433 aa  44.7  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.9264  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2670  hypothetical protein  39.24 
 
 		 425 aa  44.3  0.006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.131305  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>