50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0464 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0559  hypothetical protein  57.47 
 
 		 569 aa  638    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.261302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0466  O-antigen polymerase  59.27 
 
 		 589 aa  685    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.285163  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0464  O-antigen polymerase  100 
 
 		 590 aa  1184    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.325512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0479  O-antigen polymerase  55.81 
 
 		 578 aa  604  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.575245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0678  hypothetical protein  32.35 
 
 		 594 aa  231  4e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.206131 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3288  O-antigen polymerase  31.72 
 
 		 594 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.709506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0980  O-antigen polymerase family protein  30.31 
 
 		 661 aa  212  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0821  O-antigen polymerase family protein  30.26 
 
 		 595 aa  211  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0279  O-antigen polymerase family protein  30.26 
 
 		 595 aa  211  3e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.297863  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0010  O-antigen polymerase family protein  30.26 
 
 		 595 aa  211  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2397  O-antigen polymerase family protein  30.26 
 
 		 595 aa  211  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.233574  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2679  O-antigen polymerase family protein  30.26 
 
 		 595 aa  211  3e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0448  O-antigen polymerase  32.36 
 
 		 596 aa  210  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.134695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0650  O-antigen polymerase family protein  31.16 
 
 		 595 aa  210  6e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0817  O-antigen polymerase family protein  30.09 
 
 		 595 aa  210  7e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2674  O-antigen polymerase  30.76 
 
 		 592 aa  209  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2645  O-antigen polymerase  30.76 
 
 		 592 aa  208  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2034  O-antigen polymerase  30.76 
 
 		 592 aa  208  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0657  O-antigen polymerase  31.6 
 
 		 593 aa  197  6e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5972  O-antigen polymerase  31.11 
 
 		 592 aa  193  7e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0743128 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0534  O-antigen polymerase  29.68 
 
 		 607 aa  192  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.462274  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0474  O-antigen polymerase  30.41 
 
 		 595 aa  191  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2692  O-antigen polymerase  31 
 
 		 592 aa  186  9e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.341855  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2566  O-antigen polymerase  31.17 
 
 		 592 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.968292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4673  O-antigen polymerase  28.21 
 
 		 560 aa  96.7  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4780  O-antigen polymerase  26.98 
 
 		 594 aa  87.4  6e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.793749  normal  0.179192 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1264  O-antigen polymerase  26.64 
 
 		 555 aa  87  8e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.339425  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5178  O-antigen polymerase  26.7 
 
 		 565 aa  84.3  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0063  O-antigen polymerase  26.86 
 
 		 531 aa  82  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0639643 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0844  O-antigen polymerase  27.1 
 
 		 556 aa  75.1  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153781 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0242  hypothetical protein  24.24 
 
 		 586 aa  73.2  0.00000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0427625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4678  O-antigen polymerase  25.19 
 
 		 556 aa  72  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4672  O-antigen polymerase  24.27 
 
 		 503 aa  71.2  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2960  O-antigen polymerase  27.51 
 
 		 517 aa  67  0.0000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00194737  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3942  O-antigen polymerase  23.03 
 
 		 506 aa  62.8  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00471657 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2194  O-antigen polymerase  35.29 
 
 		 582 aa  62  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.782503 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3650  O-antigen polymerase  28.12 
 
 		 517 aa  62.4  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.320613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0368  O-antigen polymerase  24.18 
 
 		 579 aa  58.5  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2813  O-antigen polymerase  24.2 
 
 		 773 aa  52.4  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.192356  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1087  O-antigen polymerase  24.18 
 
 		 612 aa  52  0.00003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4567  O-antigen polymerase  30.72 
 
 		 717 aa  50.8  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.79744  normal  0.181696 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002359  lipid A core-O-antigen ligase  25.26 
 
 		 561 aa  50.8  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03709  hypothetical protein  24.51 
 
 		 594 aa  49.7  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2896  O-antigen polymerase family protein  29.57 
 
 		 686 aa  47  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2516  O-antigen polymerase  29.57 
 
 		 686 aa  47  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.549504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0969  O-antigen polymerase  27.22 
 
 		 446 aa  45.8  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.948168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0586  O-antigen polymerase  36.49 
 
 		 459 aa  45.1  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0446  O-antigen polymerase  26.37 
 
 		 585 aa  45.1  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1374  O-antigen polymerase  35.37 
 
 		 426 aa  45.1  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.247054  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0609  O-antigen polymerase  27.78 
 
 		 419 aa  43.9  0.008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>