50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0559 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0559  hypothetical protein  100 
 
 		 569 aa  1139    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.261302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0466  O-antigen polymerase  60.99 
 
 		 589 aa  675    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.285163  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0464  O-antigen polymerase  57.47 
 
 		 590 aa  639    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.325512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0479  O-antigen polymerase  62.41 
 
 		 578 aa  694    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.575245  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0279  O-antigen polymerase family protein  32.76 
 
 		 595 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.297863  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0010  O-antigen polymerase family protein  32.76 
 
 		 595 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0821  O-antigen polymerase family protein  32.76 
 
 		 595 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2397  O-antigen polymerase family protein  32.76 
 
 		 595 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.233574  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2679  O-antigen polymerase family protein  32.76 
 
 		 595 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0980  O-antigen polymerase family protein  32.57 
 
 		 661 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0817  O-antigen polymerase family protein  32.57 
 
 		 595 aa  239  8e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2674  O-antigen polymerase  32.92 
 
 		 592 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3288  O-antigen polymerase  33.33 
 
 		 594 aa  233  5e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.709506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2034  O-antigen polymerase  33.52 
 
 		 592 aa  233  9e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2645  O-antigen polymerase  33.52 
 
 		 592 aa  233  9e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0650  O-antigen polymerase family protein  32.76 
 
 		 595 aa  226  1e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0678  hypothetical protein  31.76 
 
 		 594 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.206131 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0657  O-antigen polymerase  32.91 
 
 		 593 aa  217  5e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0448  O-antigen polymerase  31.81 
 
 		 596 aa  212  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.134695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5972  O-antigen polymerase  32.2 
 
 		 592 aa  212  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0743128 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2692  O-antigen polymerase  30.8 
 
 		 592 aa  203  9e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.341855  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2566  O-antigen polymerase  31.15 
 
 		 592 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.968292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0534  O-antigen polymerase  31.49 
 
 		 607 aa  186  8e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.462274  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0474  O-antigen polymerase  30.7 
 
 		 595 aa  170  7e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5178  O-antigen polymerase  27.59 
 
 		 565 aa  102  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0063  O-antigen polymerase  33.53 
 
 		 531 aa  87  9e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0639643 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4780  O-antigen polymerase  29.56 
 
 		 594 aa  84.3  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.793749  normal  0.179192 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4672  O-antigen polymerase  26.84 
 
 		 503 aa  84.3  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1264  O-antigen polymerase  29.66 
 
 		 555 aa  84  0.000000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.339425  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4673  O-antigen polymerase  26.76 
 
 		 560 aa  76.6  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0242  hypothetical protein  21.88 
 
 		 586 aa  69.3  0.0000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0427625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4678  O-antigen polymerase  24.05 
 
 		 556 aa  66.2  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0844  O-antigen polymerase  25.37 
 
 		 556 aa  66.2  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153781 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3942  O-antigen polymerase  26.05 
 
 		 506 aa  62.8  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00471657 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2194  O-antigen polymerase  27.42 
 
 		 582 aa  59.3  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.782503 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5249  O-antigen polymerase  35.07 
 
 		 671 aa  56.6  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.566036  normal  0.80633 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2960  O-antigen polymerase  25 
 
 		 517 aa  55.8  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00194737  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0489  O-antigen polymerase  27.78 
 
 		 605 aa  55.5  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.091013 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0368  O-antigen polymerase  25.56 
 
 		 579 aa  55.8  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4036  O-antigen polymerase  27.37 
 
 		 516 aa  51.6  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3650  O-antigen polymerase  30.08 
 
 		 517 aa  48.9  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.320613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0287  O-antigen polymerase  26.47 
 
 		 415 aa  48.9  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.509541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0134  hypothetical protein  29.2 
 
 		 435 aa  47.4  0.0007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.74095  normal  0.279508 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03709  hypothetical protein  25.34 
 
 		 594 aa  46.6  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3838  hypothetical protein  34.48 
 
 		 436 aa  46.2  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.44323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1087  O-antigen polymerase  26.77 
 
 		 612 aa  45.4  0.003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4567  O-antigen polymerase  30.46 
 
 		 717 aa  44.3  0.007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.79744  normal  0.181696 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2694  O-antigen polymerase  29.8 
 
 		 535 aa  43.9  0.007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.247958  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2516  O-antigen polymerase  41.94 
 
 		 686 aa  43.9  0.008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.549504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2896  O-antigen polymerase family protein  41.94 
 
 		 686 aa  43.9  0.008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>