17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_3959 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03479  Lipid A-core, surface polymer ligase  96.16 
 
 		 417 aa  818    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03430  hypothetical protein  96.16 
 
 		 417 aa  818    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0910551  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4049  O-antigen polymerase  97.6 
 
 		 417 aa  823    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0576542  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3833  O-antigen polymerase  96.4 
 
 		 417 aa  820    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000244631  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4125  O-antigen polymerase  96.64 
 
 		 417 aa  820    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.314741  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0087  O-antigen polymerase  96.4 
 
 		 417 aa  820    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0556509  normal  0.17743 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3959  O-antigen polymerase  100 
 
 		 417 aa  845    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0194478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4372  O-antigen polymerase  33.33 
 
 		 427 aa  204  3e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4374  O-antigen polymerase  29.56 
 
 		 410 aa  150  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0083  O-antigen polymerase  30.37 
 
 		 419 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0973021  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2712  O-antigen polymerase  26.07 
 
 		 413 aa  67  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0646679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0160  O-antigen ligase WaaL  29.14 
 
 		 408 aa  58.2  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0263  O-antigen ligase WaaL  29.14 
 
 		 408 aa  58.2  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04059  O-Antigen Polymerase family  25.75 
 
 		 425 aa  49.7  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0333  O-antigen polymerase  23.79 
 
 		 416 aa  47.8  0.0004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6004  O-antigen polymerase  25 
 
 		 424 aa  43.5  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.881514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0609  O-antigen polymerase  26.97 
 
 		 419 aa  43.5  0.008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>