61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2006 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2006  O-antigen polymerase  100 
 
 		 426 aa  839    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.188841  normal  0.439827 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2401  O-antigen polymerase  86.62 
 
 		 426 aa  716    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0523174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0759  O-antigen polymerase  32.09 
 
 		 430 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.402812  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2204  hypothetical protein  34.44 
 
 		 435 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.556953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0333  O-antigen polymerase  31.54 
 
 		 416 aa  112  9e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0263  O-antigen ligase WaaL  29.76 
 
 		 408 aa  100  5e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0160  O-antigen ligase WaaL  29.76 
 
 		 408 aa  100  5e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2712  O-antigen polymerase  27.78 
 
 		 413 aa  97.8  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0646679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3581  O-antigen polymerase  35.81 
 
 		 429 aa  96.7  7e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2478  O-antigen polymerase  30.36 
 
 		 415 aa  85.5  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04059  O-Antigen Polymerase family  30.39 
 
 		 425 aa  81.3  0.00000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2617  hypothetical protein  26.46 
 
 		 399 aa  78.6  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0969  O-antigen polymerase  27.44 
 
 		 446 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.948168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0206  O-antigen polymerase  29.36 
 
 		 444 aa  71.6  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0980  hypothetical protein  26.94 
 
 		 409 aa  70.1  0.00000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0861  O-antigen polymerase  27.27 
 
 		 409 aa  69.7  0.0000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6004  O-antigen polymerase  25.57 
 
 		 424 aa  65.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.881514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1804  hypothetical protein  25.27 
 
 		 410 aa  65.1  0.000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0307014 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1851  hypothetical protein  27.98 
 
 		 429 aa  63.5  0.000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0083  O-antigen polymerase  24.74 
 
 		 419 aa  63.5  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0973021  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0338  O-antigen ligase  28.16 
 
 		 436 aa  63.2  0.000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6494  O-antigen polymerase  24.72 
 
 		 424 aa  62.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1511  O-antigen polymerase  24.79 
 
 		 436 aa  62  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.995807  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0319  O-antigen polymerase  30.93 
 
 		 422 aa  62.4  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4434  O-antigen polymerase  28.05 
 
 		 474 aa  60.1  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3774  O-antigen polymerase  24.48 
 
 		 439 aa  57.8  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0184  O-antigen polymerase  26.49 
 
 		 435 aa  55.5  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.146439  normal  0.684402 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5652  O-antigen polymerase  27.59 
 
 		 426 aa  53.5  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1699  O-antigen polymerase  24.16 
 
 		 401 aa  53.9  0.000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0780  O-antigen polymerase  25.38 
 
 		 415 aa  53.9  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.292399  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0392  O-antigen polymerase  25.78 
 
 		 398 aa  53.1  0.000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000178586  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1811  O-antigen polymerase  30.71 
 
 		 417 aa  52.8  0.00001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5667  putative O-antigen ligase  27.74 
 
 		 427 aa  52.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304337  normal  0.482234 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0853  hypothetical protein  20.96 
 
 		 416 aa  53.1  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1698  O-antigen polymerase  26.9 
 
 		 426 aa  52.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0267  O-antigen polymerase  26.68 
 
 		 430 aa  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2310  O-antigen polymerase  26.9 
 
 		 426 aa  52.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2053  O-antigen polymerase  29.13 
 
 		 405 aa  51.2  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2801  O-antigen polymerase  28.12 
 
 		 434 aa  51.2  0.00004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1980  O-antigen polymerase  28.45 
 
 		 396 aa  51.2  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.638067 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2333  O-antigen polymerase  26.21 
 
 		 426 aa  50.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0425881 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1429  O-antigen polymerase  26.63 
 
 		 405 aa  50.8  0.00005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0884  hypothetical protein  22.4 
 
 		 416 aa  50.4  0.00006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18850  O-antigen polymerase  28.26 
 
 		 393 aa  50.1  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0418  O-antigen polymerase  26.87 
 
 		 431 aa  50.1  0.00007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3347  O-antigen polymerase  29.37 
 
 		 443 aa  49.7  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0083  membrane protein  28.87 
 
 		 443 aa  48.9  0.0002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.735968  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2075  O-antigen polymerase  30.93 
 
 		 432 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.123759  normal  0.0828112 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0069  O-antigen polymerase  28.87 
 
 		 443 aa  47.8  0.0004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0408  O-antigen polymerase  24.21 
 
 		 407 aa  45.8  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00264178 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4227  O-antigen polymerase  26.25 
 
 		 457 aa  46.2  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2229  O-antigen polymerase  27.59 
 
 		 426 aa  45.8  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.541391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2410  O-antigen polymerase  26.28 
 
 		 426 aa  46.6  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.231968 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4286  inorganic carbon transporter  26.25 
 
 		 457 aa  46.2  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.816665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1654  O-antigen polymerase  24.21 
 
 		 754 aa  45.1  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0232  O-antigen polymerase family protein  24.21 
 
 		 417 aa  45.8  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0581783  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2349  O-antigen polymerase  27.59 
 
 		 426 aa  45.4  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1691  O-antigen polymerase  28.07 
 
 		 512 aa  45.8  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.121195  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4374  O-antigen polymerase  20.83 
 
 		 410 aa  43.9  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0609  O-antigen polymerase  24.12 
 
 		 419 aa  43.5  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7045  putative O-antigen polymerase  28.29 
 
 		 448 aa  43.1  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>