62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2204 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2204  hypothetical protein  100 
 
 
435 aa  845    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.556953  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2006  O-antigen polymerase  34.23 
 
 
426 aa  143  6e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.188841  normal  0.439827 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2401  O-antigen polymerase  31.88 
 
 
426 aa  140  6e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0523174  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0759  O-antigen polymerase  30.75 
 
 
430 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.402812  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0969  O-antigen polymerase  28.85 
 
 
446 aa  102  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.948168  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0333  O-antigen polymerase  27.05 
 
 
416 aa  97.8  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0319  O-antigen polymerase  29 
 
 
422 aa  88.2  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3581  O-antigen polymerase  33.43 
 
 
429 aa  84.3  0.000000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143797  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04059  O-Antigen Polymerase family  31.94 
 
 
425 aa  84.3  0.000000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0263  O-antigen ligase WaaL  30.57 
 
 
408 aa  83.6  0.000000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0160  O-antigen ligase WaaL  30.57 
 
 
408 aa  83.6  0.000000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3774  O-antigen polymerase  27.73 
 
 
439 aa  77  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0780  O-antigen polymerase  25.74 
 
 
415 aa  77.4  0.0000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.292399  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2617  hypothetical protein  24.92 
 
 
399 aa  76.6  0.0000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2712  O-antigen polymerase  27.05 
 
 
413 aa  74.7  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0646679  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0980  hypothetical protein  26.3 
 
 
409 aa  67  0.0000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0206  O-antigen polymerase  31.63 
 
 
444 aa  66.2  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0861  O-antigen polymerase  29.45 
 
 
409 aa  65.9  0.000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1511  O-antigen polymerase  28.06 
 
 
436 aa  63.5  0.000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.995807  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0392  O-antigen polymerase  23.81 
 
 
398 aa  59.3  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000178586  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2333  O-antigen polymerase  31.37 
 
 
426 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0425881 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1698  O-antigen polymerase  31.37 
 
 
426 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5652  O-antigen polymerase  33.33 
 
 
426 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2310  O-antigen polymerase  31.37 
 
 
426 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0267  O-antigen polymerase  27.95 
 
 
430 aa  57  0.0000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1811  O-antigen polymerase  26.54 
 
 
417 aa  57  0.0000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2478  O-antigen polymerase  27.1 
 
 
415 aa  56.6  0.0000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0418  O-antigen polymerase  27.59 
 
 
431 aa  53.1  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0184  O-antigen polymerase  31.98 
 
 
435 aa  50.8  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.146439  normal  0.684402 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2075  O-antigen polymerase  29.25 
 
 
432 aa  50.4  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.123759  normal  0.0828112 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0853  hypothetical protein  25.64 
 
 
416 aa  50.4  0.00007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0083  O-antigen polymerase  22.43 
 
 
419 aa  50.1  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0973021  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0884  hypothetical protein  39.39 
 
 
416 aa  49.7  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26080  lipid A core-O-antigen ligase-like enyme  27.49 
 
 
655 aa  48.9  0.0002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4374  O-antigen polymerase  26.42 
 
 
410 aa  48.9  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0279  bicarbonate transporter  29.33 
 
 
438 aa  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0142  O-antigen polymerase  27.62 
 
 
496 aa  47.8  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0300218 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3696  O-antigen polymerase  25.52 
 
 
461 aa  47.4  0.0005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.312837 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2349  O-antigen polymerase  33 
 
 
426 aa  47  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4372  O-antigen polymerase  24.44 
 
 
427 aa  46.6  0.0008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2229  O-antigen polymerase  33.68 
 
 
426 aa  46.6  0.0008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.541391  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6494  O-antigen polymerase  27.67 
 
 
424 aa  46.6  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0822  inorganic carbon transporter  26.35 
 
 
471 aa  45.8  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.999427  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24401  bicarbonate transporter, ICT family protein  24.59 
 
 
436 aa  45.8  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02624  membrane protein  30.73 
 
 
431 aa  45.4  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2053  O-antigen polymerase  26.39 
 
 
405 aa  45.1  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0232  O-antigen polymerase family protein  28 
 
 
417 aa  45.4  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0581783  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0408  O-antigen polymerase  28 
 
 
407 aa  45.4  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264178 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6004  O-antigen polymerase  28.5 
 
 
424 aa  44.7  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.881514  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3401  polysaccharide deacetylase  32.53 
 
 
464 aa  44.7  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.264275  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3951  O-antigen polymerase  22.5 
 
 
402 aa  44.7  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0083  membrane protein  33.62 
 
 
443 aa  45.1  0.003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.735968  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2065  bicarbonate transporter  31.78 
 
 
438 aa  44.7  0.003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0338  O-antigen ligase  27.45 
 
 
436 aa  44.3  0.004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1940  O-antigen polymerase  35.58 
 
 
453 aa  44.3  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02935  hypothetical protein  24.87 
 
 
408 aa  44.3  0.004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1851  hypothetical protein  27.45 
 
 
429 aa  44.3  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1429  O-antigen polymerase  24.88 
 
 
405 aa  44.3  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0069  O-antigen polymerase  33.62 
 
 
443 aa  43.5  0.007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4227  O-antigen polymerase  31.19 
 
 
457 aa  43.5  0.007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4286  inorganic carbon transporter  31.19 
 
 
457 aa  43.5  0.008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.816665  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2813  O-antigen polymerase  23.25 
 
 
773 aa  43.5  0.008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.192356  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>