17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_0087 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03479  Lipid A-core, surface polymer ligase  97.6 
 
 
417 aa  832    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03430  hypothetical protein  97.6 
 
 
417 aa  832    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0910551  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3833  O-antigen polymerase  100 
 
 
417 aa  844    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000244631  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4125  O-antigen polymerase  99.28 
 
 
417 aa  840    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.314741  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4049  O-antigen polymerase  98.32 
 
 
417 aa  832    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0576542  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0087  O-antigen polymerase  100 
 
 
417 aa  844    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0556509  normal  0.17743 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3959  O-antigen polymerase  96.4 
 
 
417 aa  820    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0194478  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4372  O-antigen polymerase  33.59 
 
 
427 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4374  O-antigen polymerase  29.63 
 
 
410 aa  151  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0083  O-antigen polymerase  30.1 
 
 
419 aa  146  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0973021  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2712  O-antigen polymerase  26.5 
 
 
413 aa  64.3  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0646679  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0160  O-antigen ligase WaaL  28.74 
 
 
408 aa  56.6  0.0000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0263  O-antigen ligase WaaL  28.74 
 
 
408 aa  56.6  0.0000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04059  O-Antigen Polymerase family  26.25 
 
 
425 aa  49.3  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0333  O-antigen polymerase  24.23 
 
 
416 aa  48.9  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6004  O-antigen polymerase  27.68 
 
 
424 aa  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.881514  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0319  O-antigen polymerase  23.6 
 
 
422 aa  44.3  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>