More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3070 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3070  sigma 28  100 
 
 
726 aa  1473    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.2717  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0005  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.37 
 
 
857 aa  634  1e-180  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.99 
 
 
666 aa  224  6e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.81 
 
 
717 aa  222  9.999999999999999e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.99 
 
 
665 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.99 
 
 
659 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.94 
 
 
717 aa  221  3.9999999999999997e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.1 
 
 
696 aa  219  1e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.29 
 
 
685 aa  218  2e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.95 
 
 
698 aa  219  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.95 
 
 
702 aa  219  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.95 
 
 
714 aa  219  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.95 
 
 
711 aa  219  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.8 
 
 
666 aa  218  2.9999999999999998e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.95 
 
 
649 aa  218  2.9999999999999998e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.14 
 
 
702 aa  218  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.68 
 
 
664 aa  217  5e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.52 
 
 
718 aa  217  5e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  39.62 
 
 
697 aa  217  5e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.84 
 
 
664 aa  217  5e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.52 
 
 
666 aa  217  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.52 
 
 
667 aa  217  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.95 
 
 
683 aa  217  5.9999999999999996e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.68 
 
 
664 aa  217  7e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.53 
 
 
685 aa  217  8e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.68 
 
 
668 aa  216  8e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.53 
 
 
685 aa  216  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.1 
 
 
668 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.1 
 
 
668 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.84 
 
 
669 aa  216  9.999999999999999e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.1 
 
 
667 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.96 
 
 
672 aa  216  1.9999999999999998e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.96 
 
 
672 aa  216  1.9999999999999998e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.68 
 
 
674 aa  215  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.68 
 
 
710 aa  215  1.9999999999999998e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.36 
 
 
666 aa  215  2.9999999999999995e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.68 
 
 
681 aa  214  3.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.68 
 
 
684 aa  214  4.9999999999999996e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.01 
 
 
656 aa  213  7e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.91 
 
 
802 aa  213  1e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  42.91 
 
 
819 aa  213  1e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  44.91 
 
 
805 aa  213  1e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  44.14 
 
 
586 aa  212  2e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.66 
 
 
671 aa  212  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  44.91 
 
 
805 aa  213  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.66 
 
 
668 aa  212  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.84 
 
 
667 aa  211  3e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.03 
 
 
650 aa  211  4e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.47 
 
 
586 aa  209  1e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  46.09 
 
 
621 aa  209  1e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  46.09 
 
 
621 aa  209  1e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  44.72 
 
 
594 aa  209  1e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.57 
 
 
638 aa  209  1e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.66 
 
 
602 aa  209  2e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04069  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.22 
 
 
624 aa  209  2e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41319  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3572  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.82 
 
 
618 aa  208  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00998328  normal  0.692055 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.57 
 
 
608 aa  208  3e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.71 
 
 
577 aa  208  3e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.49 
 
 
629 aa  208  3e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.15 
 
 
698 aa  207  4e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  42.8 
 
 
584 aa  207  4e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  45.15 
 
 
698 aa  207  5e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.99 
 
 
610 aa  207  5e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.8 
 
 
584 aa  207  5e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.23 
 
 
599 aa  207  5e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4334  RNA polymerase sigma-70 factor  45.68 
 
 
616 aa  207  6e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  44.14 
 
 
579 aa  207  7e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3049  RpoD family RNA polymerase sigma factor  43.89 
 
 
582 aa  207  7e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000323778  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.6 
 
 
805 aa  206  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  46.38 
 
 
588 aa  206  1e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  45.57 
 
 
611 aa  206  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.46 
 
 
624 aa  205  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  43.46 
 
 
631 aa  205  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.41 
 
 
598 aa  206  2e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.61 
 
 
683 aa  205  2e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.15 
 
 
616 aa  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.15 
 
 
617 aa  205  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.2 
 
 
808 aa  205  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.57 
 
 
615 aa  205  3e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.01 
 
 
623 aa  205  3e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4480  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.47 
 
 
805 aa  204  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.39 
 
 
805 aa  205  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07520  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.15 
 
 
617 aa  205  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627024  normal  0.302038 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  45.15 
 
 
616 aa  204  4e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  40.54 
 
 
612 aa  204  4e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1038  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.15 
 
 
613 aa  204  4e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0389354  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.48 
 
 
616 aa  204  5e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.57 
 
 
620 aa  204  5e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.65 
 
 
623 aa  204  5e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.57 
 
 
621 aa  204  5e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.57 
 
 
620 aa  204  5e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.47 
 
 
805 aa  204  5e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_002936  DET0551  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.64 
 
 
520 aa  204  6e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0248061  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.48 
 
 
616 aa  204  6e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.48 
 
 
616 aa  204  6e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0833  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.24 
 
 
800 aa  204  6e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.47 
 
 
804 aa  204  7e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.24 
 
 
736 aa  203  8e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.48 
 
 
595 aa  203  8e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.24 
 
 
736 aa  203  8e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>