More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3002 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2028  multi-sensor hybrid histidine kinase  63.93 
 
 
1247 aa  1509    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.138072 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3002  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
1234 aa  2479    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.131007 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.91 
 
 
819 aa  293  9e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.78 
 
 
819 aa  290  1e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4259  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.97 
 
 
804 aa  254  9.000000000000001e-66  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2013  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.56 
 
 
801 aa  239  2e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.35 
 
 
1132 aa  232  4e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0231  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.43 
 
 
844 aa  224  4.9999999999999996e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.794534  normal  0.63544 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0886  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.57 
 
 
842 aa  221  8.999999999999998e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435524 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.46 
 
 
551 aa  216  1.9999999999999998e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1396  sensor histidine kinase/response regulator  28.51 
 
 
1092 aa  212  5e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.13 
 
 
922 aa  210  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1502  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.71 
 
 
952 aa  210  2e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.5 
 
 
557 aa  209  3e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0463  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.99 
 
 
642 aa  208  7e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.683271 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  28.37 
 
 
1112 aa  207  1e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3018  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.8 
 
 
522 aa  206  2e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0381782 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 
668 aa  205  4e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.37 
 
 
819 aa  205  5e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000597485  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2665  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.92 
 
 
637 aa  204  9.999999999999999e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266574  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2898  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.11 
 
 
849 aa  202  1.9999999999999998e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16474e-17 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2401  sensory box histidine kinase/response regulator  31.22 
 
 
1015 aa  201  5e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.75 
 
 
853 aa  201  7.999999999999999e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2428  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.73 
 
 
656 aa  199  2.0000000000000003e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00399652  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1405  sensor histidine kinase/response regulator  27.74 
 
 
1379 aa  198  4.0000000000000005e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3722  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.47 
 
 
845 aa  199  4.0000000000000005e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.82 
 
 
845 aa  198  5.000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2001  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.63 
 
 
796 aa  198  5.000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  7.77001e-34 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1985  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.27 
 
 
650 aa  198  6e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.42 
 
 
630 aa  195  4e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21488  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2226  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.37 
 
 
796 aa  194  1e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000698755  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.39 
 
 
859 aa  194  1e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0930  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.18 
 
 
736 aa  193  2e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.165473  normal  0.215499 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1525  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.14 
 
 
872 aa  192  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.40409  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1727  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.35 
 
 
793 aa  192  2.9999999999999997e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.51 
 
 
774 aa  192  4e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0462938  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.09 
 
 
657 aa  191  8e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.6 
 
 
962 aa  191  9e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1004  sensory box histidine kinase/response regulator  33.65 
 
 
945 aa  189  2e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1740  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  34.24 
 
 
866 aa  189  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0223971  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1039  sensory box histidine kinase/response regulator  33.65 
 
 
945 aa  189  3e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0319  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  28.88 
 
 
824 aa  188  4e-46  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.655044  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2463  two component sensor kinase  34.06 
 
 
872 aa  188  5e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.899501  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  34.13 
 
 
733 aa  188  6e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.24 
 
 
777 aa  187  9e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1984  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.19 
 
 
752 aa  187  9e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.684295 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.12 
 
 
1106 aa  187  1.0000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1283  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.41 
 
 
1322 aa  187  1.0000000000000001e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000035266 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1443  sensor histidine kinase/response regulator  34.38 
 
 
654 aa  186  2.0000000000000003e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.676986  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.96 
 
 
639 aa  186  2.0000000000000003e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4405  multi-sensor hybrid histidine kinase  30 
 
 
880 aa  186  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0198095  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3600  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.9 
 
 
766 aa  186  2.0000000000000003e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.35244  normal  0.024803 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4635  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.52 
 
 
857 aa  186  3e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.576155  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2124  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
857 aa  185  4.0000000000000006e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.104313  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2019  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.81 
 
 
1016 aa  185  4.0000000000000006e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.25506  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1961  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.65 
 
 
867 aa  185  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.126106 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1382  histidine kinase  31.65 
 
 
912 aa  185  4.0000000000000006e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2693  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.25 
 
 
873 aa  185  5.0000000000000004e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0452  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.59 
 
 
955 aa  184  6e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3771  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.98 
 
 
874 aa  184  7e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0139218  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0755  sensor histidine kinase/response regulator  28.16 
 
 
828 aa  184  7e-45  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0513  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.86 
 
 
803 aa  184  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.883754  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.02 
 
 
652 aa  184  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2947  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.11 
 
 
642 aa  184  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.69 
 
 
641 aa  183  2e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1398  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.23 
 
 
853 aa  183  2e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1796  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.56 
 
 
871 aa  183  2e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000183002  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.9 
 
 
867 aa  183  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00129243  normal  0.0294734 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2408  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.14 
 
 
647 aa  182  2.9999999999999997e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.385618  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2939  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.82 
 
 
1279 aa  182  2.9999999999999997e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111329  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2155  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.72 
 
 
753 aa  182  2.9999999999999997e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1723  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.42 
 
 
664 aa  182  2.9999999999999997e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.03 
 
 
695 aa  182  2.9999999999999997e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1983  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 
847 aa  182  2.9999999999999997e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.138459 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.52 
 
 
970 aa  182  4e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.984464  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0127  sensory box sensor histidine kinase  31.98 
 
 
1061 aa  182  4.999999999999999e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1446  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.59 
 
 
811 aa  182  4.999999999999999e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3071  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.59 
 
 
1222 aa  182  4.999999999999999e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0997499 
 
 
-
 
NC_002936  DET1016  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  26.57 
 
 
1258 aa  181  5.999999999999999e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0181  two component signal transduction histidine kinase/response regulator hybrid  32.8 
 
 
749 aa  181  5.999999999999999e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.21 
 
 
688 aa  181  5.999999999999999e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0903  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.64 
 
 
1262 aa  181  7e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  31.12 
 
 
1561 aa  181  8e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.64 
 
 
752 aa  181  9e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000882027 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.75 
 
 
643 aa  181  9e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.535539  normal  0.0122943 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2152  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.69 
 
 
670 aa  180  1e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.381885  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2264  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.33 
 
 
692 aa  181  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1872  sensor histidine kinase  34.83 
 
 
936 aa  180  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.291512  normal  0.670925 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  31.82 
 
 
812 aa  181  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1412  sensor histidine kinase/response regulator  28.08 
 
 
737 aa  181  1e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.281366  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2494  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.16 
 
 
663 aa  180  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.25 
 
 
983 aa  181  1e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2816  sensory box histidine kinase/response regulator  28.99 
 
 
882 aa  179  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.38 
 
 
1260 aa  179  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1154  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.85 
 
 
925 aa  179  2e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  34.2 
 
 
571 aa  179  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3878  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.04 
 
 
673 aa  179  2e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.38 
 
 
1260 aa  179  2e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.55 
 
 
1134 aa  179  3e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.39 
 
 
743 aa  179  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>