More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1985 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_1985  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
650 aa  1334    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.4 
 
 
774 aa  346  7e-94  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0462938  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.59 
 
 
1260 aa  332  2e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.86 
 
 
1260 aa  332  2e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.23 
 
 
1079 aa  324  3e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.98 
 
 
1132 aa  322  1.9999999999999998e-86  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.69 
 
 
853 aa  320  3.9999999999999996e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.18 
 
 
859 aa  320  7e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.48 
 
 
639 aa  317  4e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.39 
 
 
962 aa  315  9.999999999999999e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3722  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.43 
 
 
845 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2598  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32 
 
 
661 aa  312  1e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.57 
 
 
845 aa  310  5.9999999999999995e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.48 
 
 
643 aa  305  2.0000000000000002e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.535539  normal  0.0122943 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.02 
 
 
1113 aa  303  8.000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.02 
 
 
1108 aa  302  1e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000213837 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.98 
 
 
769 aa  301  3e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2001  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.86 
 
 
796 aa  300  8e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  7.77001e-34 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2023  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.36 
 
 
1021 aa  299  9e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0168563  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 
1106 aa  298  2e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.48 
 
 
777 aa  297  3e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.12 
 
 
1095 aa  297  4e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.18 
 
 
983 aa  294  3e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  30.98 
 
 
1065 aa  293  6e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 
557 aa  293  8e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2226  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.81 
 
 
796 aa  292  1e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000698755  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.18 
 
 
1065 aa  291  3e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0269  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.6 
 
 
885 aa  291  3e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1414  sensory box histidine kinase/response regulator  34.44 
 
 
844 aa  290  4e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00865388  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0930  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.54 
 
 
736 aa  291  4e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.165473  normal  0.215499 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.96 
 
 
762 aa  290  6e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.03 
 
 
1148 aa  289  9e-77  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.43 
 
 
668 aa  288  1e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  37.99 
 
 
733 aa  289  1e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.23 
 
 
657 aa  288  2e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1283  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.11 
 
 
1322 aa  287  4e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000035266 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2939  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.19 
 
 
1279 aa  286  7e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111329  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1847  histidine kinase  44.97 
 
 
785 aa  286  9e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0181  two component signal transduction histidine kinase/response regulator hybrid  32.61 
 
 
749 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3878  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.28 
 
 
673 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.03 
 
 
1051 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2155  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.36 
 
 
753 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.73 
 
 
957 aa  283  7.000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.07 
 
 
810 aa  283  9e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.43 
 
 
1047 aa  282  1e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3966  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.49 
 
 
677 aa  282  1e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000186378 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2494  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.88 
 
 
663 aa  281  3e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.68 
 
 
752 aa  281  4e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000882027 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.18 
 
 
1047 aa  281  4e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.21 
 
 
953 aa  280  4e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2428  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.9 
 
 
656 aa  280  4e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00399652  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.59 
 
 
650 aa  280  5e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3600  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  42.3 
 
 
766 aa  279  1e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.35244  normal  0.024803 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.88 
 
 
1134 aa  277  4e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.22 
 
 
743 aa  276  6e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.69 
 
 
551 aa  276  6e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1723  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.69 
 
 
664 aa  276  7e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.27 
 
 
1193 aa  276  9e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0454  multisensor hybrid histidine kinase  42.15 
 
 
766 aa  276  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2107  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.15 
 
 
770 aa  276  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.97 
 
 
789 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.78 
 
 
819 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000597485  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.25 
 
 
630 aa  275  2.0000000000000002e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21488  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.54 
 
 
782 aa  274  4.0000000000000004e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2898  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.53 
 
 
849 aa  274  5.000000000000001e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16474e-17 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.62 
 
 
773 aa  272  1e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2816  sensory box histidine kinase/response regulator  31.8 
 
 
882 aa  271  2e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.57 
 
 
773 aa  271  2e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.94 
 
 
810 aa  271  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000530681 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1443  sensor histidine kinase/response regulator  40.05 
 
 
654 aa  270  5e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.676986  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1648  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.36 
 
 
1176 aa  270  5.9999999999999995e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.883005  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.23 
 
 
1059 aa  270  8e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  41.34 
 
 
1112 aa  269  1e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2824  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.89 
 
 
1018 aa  269  1e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0209449 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0755  sensor histidine kinase/response regulator  36.68 
 
 
828 aa  269  1e-70  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0935  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.11 
 
 
828 aa  269  1e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00791305  hitchhiker  0.0012729 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3018  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.63 
 
 
522 aa  269  1e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0381782 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4635  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.65 
 
 
857 aa  269  1e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.576155  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0595  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.09 
 
 
680 aa  269  1e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.64 
 
 
1180 aa  268  2e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.71 
 
 
807 aa  268  2e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2375  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  41.99 
 
 
766 aa  268  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.352057 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2401  sensory box histidine kinase/response regulator  38.29 
 
 
1015 aa  268  2.9999999999999995e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.8 
 
 
651 aa  268  2.9999999999999995e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0052  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.48 
 
 
1054 aa  267  4e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0520  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  41.62 
 
 
751 aa  267  4e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1171  histidine kinase  39.49 
 
 
527 aa  267  4e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00415214  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.98 
 
 
814 aa  267  5e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0319  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  35.93 
 
 
824 aa  267  5e-70  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.655044  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.73 
 
 
1011 aa  267  5.999999999999999e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 
936 aa  267  5.999999999999999e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.97 
 
 
1057 aa  266  8.999999999999999e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1910  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.67 
 
 
994 aa  266  8.999999999999999e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4372  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  37.19 
 
 
641 aa  266  1e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.755089  normal  0.0153537 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1654  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.12 
 
 
1115 aa  266  1e-69  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1216  sensor histidine kinase/response regulator  37 
 
 
417 aa  265  2e-69  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0463  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.78 
 
 
642 aa  265  2e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.683271 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.76 
 
 
812 aa  264  3e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.05 
 
 
922 aa  265  3e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4355  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41 
 
 
600 aa  264  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>