98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4235 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4235  thioesterase superfamily protein  100 
 
 		 139 aa  282  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00920206  normal  0.85972 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5013  thioesterase superfamily protein  90.58 
 
 		 141 aa  260  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4340  thioesterase superfamily protein  87.05 
 
 		 139 aa  253  6e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.757793  normal  0.0461305 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0932  hypothetical protein  54.35 
 
 		 140 aa  163  6.9999999999999995e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.783241 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1457  thioesterase superfamily protein  37.41 
 
 		 144 aa  105  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.103359  normal  0.371567 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1737  thioesterase superfamily protein  35.97 
 
 		 144 aa  102  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.41216  normal  0.052165 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1460  thioesterase superfamily protein  35.25 
 
 		 144 aa  101  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.140224  normal  0.0193466 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2286  thioesterase superfamily protein  36 
 
 		 137 aa  100  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5172  thioesterase superfamily protein  38.17 
 
 		 141 aa  97.4  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.556707  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4479  thioesterase superfamily protein  37.4 
 
 		 141 aa  96.3  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.306751  hitchhiker  0.00370817 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5737  thioesterase superfamily protein  37.01 
 
 		 137 aa  94  6e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00962069 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0596  thioesterase superfamily protein  39.23 
 
 		 141 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.764415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3220  thioesterase superfamily protein  36.57 
 
 		 142 aa  86.7  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.921171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2975  thioesterase superfamily protein  31.25 
 
 		 153 aa  67.4  0.00000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251541 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1750  thioesterase superfamily protein  37.5 
 
 		 173 aa  67  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3715  thioesterase superfamily protein  35.94 
 
 		 173 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.246301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2751  hypothetical protein  30.25 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.704277  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1781  thioesterase superfamily protein  35.29 
 
 		 162 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2224  thioesterase superfamily protein  32.28 
 
 		 140 aa  64.7  0.0000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.43014  hitchhiker  0.00490969 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1590  thioesterase superfamily protein  36.72 
 
 		 162 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.138316 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0491  thioesterase superfamily protein  29.55 
 
 		 145 aa  62.8  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3334  thioesterase superfamily protein  31.01 
 
 		 149 aa  62  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5402  hypothetical protein  33.33 
 
 		 160 aa  61.2  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.925315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1883  phenylacetic acid degradation-related protein  30.7 
 
 		 158 aa  61.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.128137 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1130  uncharacterized aromatic compound catabolism protein  31.53 
 
 		 143 aa  60.5  0.000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1352  phenylacetic acid degradation-related protein  30.65 
 
 		 133 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0602688  normal  0.0191166 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5269  thioesterase superfamily protein  30.65 
 
 		 131 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1075  thioesterase superfamily protein  30.95 
 
 		 147 aa  57.8  0.00000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0492  thioesterase superfamily protein  29.37 
 
 		 179 aa  57.8  0.00000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.838817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3164  thioesterase superfamily protein  27.5 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7099  putative thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase  28.21 
 
 		 137 aa  56.6  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2272  thioesterase superfamily protein  27.59 
 
 		 141 aa  54.3  0.0000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.482211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3654  thioesterase superfamily protein  31.36 
 
 		 144 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00894045  normal  0.0146751 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1228  thioesterase superfamily protein  28.8 
 
 		 153 aa  54.3  0.0000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0931221  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3610  phenylacetic acid degradation-related protein  26.23 
 
 		 149 aa  53.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3361  thioesterase superfamily protein  31.45 
 
 		 148 aa  53.1  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754262 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0186  thioesterase superfamily protein  29.57 
 
 		 142 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.439757  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2354  hypothetical protein  31.36 
 
 		 143 aa  52  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2766  thioesterase superfamily protein  26.61 
 
 		 135 aa  51.6  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1696  hypothetical protein  30 
 
 		 147 aa  50.8  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.533828 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2007  thioesterase superfamily protein  30 
 
 		 135 aa  50.8  0.000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100535  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2234  thioesterase superfamily protein  28.69 
 
 		 144 aa  50.1  0.000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000268048  hitchhiker  0.0000000000429679 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2054  thioesterase superfamily protein  30.58 
 
 		 147 aa  50.1  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000754115 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1410  phenylacetic acid degradation-related protein  28.57 
 
 		 165 aa  49.3  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4380  thioesterase superfamily protein  28.24 
 
 		 151 aa  49.3  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.624185  normal  0.725771 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2872  hypothetical protein  31.4 
 
 		 137 aa  48.1  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.791142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0887  thioesterase superfamily protein  27.64 
 
 		 157 aa  48.1  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.114849  normal  0.260972 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0152  thioesterase superfamily protein  33.03 
 
 		 134 aa  47.4  0.00006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.149179  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6911  thioesterase superfamily protein  26.5 
 
 		 128 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0580  hypothetical protein  30.77 
 
 		 124 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06200  hypothetical protein  30.51 
 
 		 134 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0140173 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2492  phenylacetic acid degradation-related protein  28.81 
 
 		 146 aa  47  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4670  thioesterase superfamily protein  31.31 
 
 		 137 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.614434 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1855  thioesterase superfamily protein  29.84 
 
 		 154 aa  46.2  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0258  phenylacetic acid degradation-like protein  20.83 
 
 		 127 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.547742 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0970  thioesterase superfamily protein  25.62 
 
 		 160 aa  45.4  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.523818  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3633  thioesterase superfamily protein  22.66 
 
 		 156 aa  44.7  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.990375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3584  phenylacetic acid degradation-related protein  29.79 
 
 		 145 aa  44.3  0.0005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.506828  normal  0.421293 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0821  thioesterase superfamily protein  25.47 
 
 		 136 aa  44.3  0.0005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2019  signal peptide protein  22.54 
 
 		 166 aa  44.7  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.142293  normal  0.189866 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_808  thioesterase  26.42 
 
 		 136 aa  44.3  0.0005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1374  thioesterase superfamily protein  29.41 
 
 		 159 aa  44.3  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2270  phenylacetic acid degradation-related protein  29.5 
 
 		 161 aa  44.3  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.552661  normal  0.164654 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0256  phenylacetic acid degradation-related protein  22.22 
 
 		 127 aa  43.9  0.0006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4897  thioesterase superfamily protein  25.22 
 
 		 143 aa  43.5  0.0008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0697  thioesterase superfamily protein  25.96 
 
 		 134 aa  43.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0937  thioesterase family protein  26.85 
 
 		 136 aa  43.5  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0346835  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2176  thioesterase superfamily protein  24.17 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.377953  normal  0.0193271 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1853  thioesterase superfamily protein  24.39 
 
 		 145 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.032605 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1442  thioesterase superfamily protein  26.87 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.319337  normal  0.023791 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1483  thioesterase superfamily protein  26.87 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0188667  normal  0.0358059 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0269  thioesterase superfamily protein  22.5 
 
 		 127 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5199  phenylacetic acid degradation-related protein  28.57 
 
 		 159 aa  42.7  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.354214 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0100  hypothetical protein  33.94 
 
 		 155 aa  43.5  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.420751  normal  0.431878 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1845  hypothetical protein  30.83 
 
 		 147 aa  43.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.128733  normal  0.528638 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5020  hypothetical protein  25.64 
 
 		 143 aa  43.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.017397  normal  0.174353 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1922  thioesterase superfamily protein  28.57 
 
 		 159 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.411154 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2918  thioesterase superfamily protein  30.63 
 
 		 154 aa  42.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1795  phenylacetic acid degradation-related protein  22.31 
 
 		 161 aa  42.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.560349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2725  thioesterase superfamily protein  27.17 
 
 		 149 aa  42.7  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1899  hypothetical protein  28.57 
 
 		 159 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1850  phenylacetic acid degradation-like protein  25.21 
 
 		 154 aa  42.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0992108 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6180  phenylacetic acid degradation-related protein  28.57 
 
 		 159 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0244  thioesterase superfamily protein  21.67 
 
 		 127 aa  42  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.270075  hitchhiker  0.00712451 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0326  hypothetical protein  20.51 
 
 		 127 aa  42  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2566  phenylacetic acid degradation-related protein  27.73 
 
 		 149 aa  42  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.12442  normal  0.744123 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0730  thioesterase superfamily protein  29.9 
 
 		 155 aa  42  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4539  thioesterase superfamily protein  38.75 
 
 		 151 aa  41.2  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1780  hypothetical protein  29.84 
 
 		 176 aa  41.2  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.371406 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0259  thioesterase superfamily protein  21.67 
 
 		 127 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0417861 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1837  hypothetical protein  27.73 
 
 		 159 aa  40.8  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4968  thioesterase superfamily protein  21.67 
 
 		 127 aa  40.8  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707673 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1932  thioesterase superfamily protein  29.41 
 
 		 161 aa  40.8  0.007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.248061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1809  thioesterase superfamily protein  27.73 
 
 		 159 aa  40.8  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.489553 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0101  phenylacetic acid degradation-related protein  29.29 
 
 		 148 aa  40.8  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5037  putative thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase  39.19 
 
 		 146 aa  40.4  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.230571  normal  0.381864 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1545  thioesterase superfamily protein  24.37 
 
 		 126 aa  40  0.01  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000739832  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3041  phenylacetic acid degradation-related protein  34.83 
 
 		 148 aa  40  0.01  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.126978  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>