56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3715 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3715  thioesterase superfamily protein  100 
 
 		 173 aa  357  7e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.246301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1781  thioesterase superfamily protein  90.12 
 
 		 162 aa  302  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1750  thioesterase superfamily protein  84.57 
 
 		 173 aa  293  8e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1590  thioesterase superfamily protein  82.12 
 
 		 162 aa  266  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.138316 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5402  hypothetical protein  71.43 
 
 		 160 aa  236  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.925315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2224  thioesterase superfamily protein  56.62 
 
 		 140 aa  146  1.0000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.43014  hitchhiker  0.00490969 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3334  thioesterase superfamily protein  52.17 
 
 		 149 aa  145  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1075  thioesterase superfamily protein  45.45 
 
 		 147 aa  125  3e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1228  thioesterase superfamily protein  43.71 
 
 		 153 aa  117  6e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0931221  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2234  thioesterase superfamily protein  37.31 
 
 		 144 aa  95.5  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000268048  hitchhiker  0.0000000000429679 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1737  thioesterase superfamily protein  41.09 
 
 		 144 aa  92  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.41216  normal  0.052165 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1460  thioesterase superfamily protein  40.31 
 
 		 144 aa  90.9  8e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.140224  normal  0.0193466 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1457  thioesterase superfamily protein  37.16 
 
 		 144 aa  90.9  9e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.103359  normal  0.371567 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2975  thioesterase superfamily protein  38.52 
 
 		 153 aa  84  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251541 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5172  thioesterase superfamily protein  39.26 
 
 		 141 aa  78.6  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.556707  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0887  thioesterase superfamily protein  33.07 
 
 		 157 aa  72.8  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.114849  normal  0.260972 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0596  thioesterase superfamily protein  35.66 
 
 		 141 aa  70.9  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.764415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2054  thioesterase superfamily protein  33.88 
 
 		 147 aa  69.3  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000754115 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4479  thioesterase superfamily protein  35.66 
 
 		 141 aa  67.4  0.00000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.306751  hitchhiker  0.00370817 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2323  phenylacetic acid degradation-related protein  31.88 
 
 		 154 aa  66.6  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0492  thioesterase superfamily protein  34.19 
 
 		 179 aa  65.5  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.838817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4235  thioesterase superfamily protein  35.94 
 
 		 139 aa  65.1  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00920206  normal  0.85972 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0491  thioesterase superfamily protein  34.45 
 
 		 145 aa  63.2  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4340  thioesterase superfamily protein  35.43 
 
 		 139 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.757793  normal  0.0461305 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2751  hypothetical protein  28.1 
 
 		 138 aa  60.8  0.000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.704277  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2286  thioesterase superfamily protein  32 
 
 		 137 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0580  hypothetical protein  35.78 
 
 		 124 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5013  thioesterase superfamily protein  33.86 
 
 		 141 aa  59.3  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06200  hypothetical protein  34.86 
 
 		 134 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0140173 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1130  uncharacterized aromatic compound catabolism protein  35.16 
 
 		 143 aa  56.2  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1303  thioesterase superfamily protein  30.37 
 
 		 149 aa  55.5  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3633  thioesterase superfamily protein  28.81 
 
 		 156 aa  53.5  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.990375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2233  thioesterase superfamily protein  33.94 
 
 		 121 aa  53.9  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0932  hypothetical protein  29.92 
 
 		 140 aa  49.3  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.783241 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3220  thioesterase superfamily protein  33.33 
 
 		 142 aa  47.8  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.921171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2766  thioesterase superfamily protein  25 
 
 		 135 aa  46.6  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3610  phenylacetic acid degradation-related protein  31.53 
 
 		 149 aa  46.2  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1949  hypothetical protein  31.46 
 
 		 144 aa  45.4  0.0004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0913088  normal  0.0384991 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2270  phenylacetic acid degradation-related protein  32.56 
 
 		 161 aa  45.4  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.552661  normal  0.164654 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5737  thioesterase superfamily protein  29.6 
 
 		 137 aa  45.1  0.0005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00962069 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4897  thioesterase superfamily protein  27.59 
 
 		 143 aa  44.3  0.0008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1324  phenylacetic acid degradation protein PaaD  30.48 
 
 		 124 aa  44.3  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0859981 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10738  PaaI_thioesterase family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G04355)  27.34 
 
 		 156 aa  43.9  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00650285 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4670  thioesterase superfamily protein  34.55 
 
 		 137 aa  44.3  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.614434 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2019  signal peptide protein  32.09 
 
 		 166 aa  43.5  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.142293  normal  0.189866 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0152  thioesterase superfamily protein  31.82 
 
 		 134 aa  43.1  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.149179  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1795  phenylacetic acid degradation-related protein  27.08 
 
 		 161 aa  43.1  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.560349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1853  thioesterase superfamily protein  28.44 
 
 		 145 aa  42.7  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.032605 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0708  thioesterase superfamily protein  25.19 
 
 		 153 aa  42.4  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422645  normal  0.817493 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0985  phenylacetic acid degradation protein  36.25 
 
 		 150 aa  42  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.594777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3164  thioesterase superfamily protein  23.73 
 
 		 135 aa  41.6  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2176  thioesterase superfamily protein  27.52 
 
 		 145 aa  41.6  0.006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.377953  normal  0.0193271 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1850  phenylacetic acid degradation-like protein  30.58 
 
 		 154 aa  41.6  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0992108 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0540  phenylacetic acid degradation protein PaaD  34.44 
 
 		 150 aa  41.2  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.460721  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2565  phenylacetic acid degradation protein PaaD  34.44 
 
 		 150 aa  41.2  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1169  thioesterase superfamily protein  27.94 
 
 		 139 aa  40.8  0.01  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0798607  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>