More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3644 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  623  1e-177  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  61.07 
 
 		 284 aa  362  5.0000000000000005e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  54.14 
 
 		 283 aa  301  1e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  50.95 
 
 		 281 aa  288  9e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  45.49 
 
 		 288 aa  267  1e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 287 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  42.53 
 
 		 287 aa  240  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  42.09 
 
 		 283 aa  231  1e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  47.43 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 306 aa  228  6e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 280 aa  227  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.09 
 
 		 288 aa  226  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  41.86 
 
 		 299 aa  223  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 317 aa  223  4e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  43.35 
 
 		 282 aa  221  8e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 288 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 288 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 288 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 288 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 279 aa  186  4e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 283 aa  178  9e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 282 aa  144  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  31.3 
 
 		 282 aa  140  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 294 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 281 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  30.12 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  29.34 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 286 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  26.99 
 
 		 290 aa  132  9e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 285 aa  130  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  30.32 
 
 		 284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  30.6 
 
 		 279 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 281 aa  121  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 281 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 283 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  29.26 
 
 		 275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  29.15 
 
 		 275 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  28.41 
 
 		 275 aa  110  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  28.2 
 
 		 273 aa  108  9.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  28.04 
 
 		 275 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  28.03 
 
 		 277 aa  104  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  27.6 
 
 		 293 aa  103  5e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  27.6 
 
 		 293 aa  103  5e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  27.6 
 
 		 293 aa  103  5e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  28.04 
 
 		 279 aa  102  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  28.04 
 
 		 279 aa  102  6e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  28.04 
 
 		 279 aa  102  6e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  28.04 
 
 		 279 aa  102  6e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  28.04 
 
 		 279 aa  102  6e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  28.04 
 
 		 279 aa  102  6e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  28.04 
 
 		 279 aa  102  6e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  28.04 
 
 		 279 aa  102  6e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  27.72 
 
 		 278 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  27.34 
 
 		 278 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  27.68 
 
 		 279 aa  100  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 289 aa  100  4e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  27.34 
 
 		 278 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  27.34 
 
 		 278 aa  99.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  27.34 
 
 		 278 aa  99.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.95 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 332 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 307 aa  86.7  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 320 aa  86.7  4e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 296 aa  85.5  9e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6389  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 291 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0907959  normal  0.0995777 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  28.57 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 341 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  29.14 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.3 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  30.97 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5516  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0587498  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4827  transcriptional regulator, LysR family  30.91 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.133031  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5880  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311857  normal  0.281069 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 309 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 309 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  32.75 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 296 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  33.93 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6420  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.83075  normal  0.614202 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 313 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>