More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3159 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 282 aa  567  1e-161  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  58.78 
 
 		 317 aa  334  1e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  54.91 
 
 		 288 aa  299  3e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  50.54 
 
 		 280 aa  275  9e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  53.6 
 
 		 299 aa  265  5e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  46.36 
 
 		 287 aa  237  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 287 aa  237  2e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  44.61 
 
 		 306 aa  229  5e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  42.2 
 
 		 288 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 288 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  42.2 
 
 		 288 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  43.35 
 
 		 300 aa  222  4e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  43.17 
 
 		 283 aa  220  1.9999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 288 aa  218  7e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.15 
 
 		 288 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  42.02 
 
 		 283 aa  209  4e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  40.5 
 
 		 281 aa  198  7e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 283 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  39.69 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 284 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 279 aa  145  8.000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 282 aa  143  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  31.6 
 
 		 282 aa  139  3.9999999999999997e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 290 aa  136  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 281 aa  132  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 306 aa  129  8.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  29.81 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  31.3 
 
 		 284 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 286 aa  125  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  30.71 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  29.56 
 
 		 290 aa  123  3e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 285 aa  123  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 281 aa  122  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 286 aa  122  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  30.77 
 
 		 297 aa  122  7e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 282 aa  120  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  29.43 
 
 		 279 aa  120  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 283 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 286 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  30.64 
 
 		 275 aa  115  6e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  29.58 
 
 		 275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 281 aa  113  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  29.58 
 
 		 275 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  30.6 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  35.26 
 
 		 273 aa  110  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  29.04 
 
 		 279 aa  109  5e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  29.04 
 
 		 279 aa  109  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  29.04 
 
 		 279 aa  109  6e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  29.04 
 
 		 279 aa  109  6e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  29.04 
 
 		 279 aa  109  6e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  29.04 
 
 		 279 aa  109  6e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  27.5 
 
 		 293 aa  109  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  27.5 
 
 		 293 aa  109  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  27.5 
 
 		 293 aa  109  6e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  29.04 
 
 		 279 aa  109  6e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  29.04 
 
 		 279 aa  109  6e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  29.11 
 
 		 275 aa  108  7.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  30.34 
 
 		 278 aa  108  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  30.22 
 
 		 278 aa  108  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  30.22 
 
 		 278 aa  108  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  30.22 
 
 		 278 aa  108  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  28.68 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  30.36 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 291 aa  101  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0157  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 295 aa  92.8  6e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0436  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.580361  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 283 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 283 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  34.25 
 
 		 312 aa  80.9  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1634  regulatory protein LysR  28.11 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 312 aa  79.7  0.00000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3514  transcriptional regulator, LysR family  28.8 
 
 		 283 aa  79  0.00000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3297  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 283 aa  79  0.00000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 283 aa  79  0.00000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3557  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 283 aa  79  0.00000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.423553  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1612  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2785  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 327 aa  77  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 293 aa  76.6  0.0000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 283 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1312  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 306 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0946  LysR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 290 aa  75.5  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2086  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal  0.654508 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 290 aa  75.1  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>