More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06999 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  613  9.999999999999999e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  94.85 
 
 		 297 aa  576  1.0000000000000001e-163  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  77.39 
 
 		 306 aa  472  1e-132  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  71.67 
 
 		 294 aa  449  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  67.63 
 
 		 281 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 285 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 282 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 289 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 286 aa  243  3e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 289 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 286 aa  243  3e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  42.16 
 
 		 289 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 289 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 286 aa  241  1e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 290 aa  239  5e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  43.38 
 
 		 279 aa  229  4e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  40.43 
 
 		 284 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  35.94 
 
 		 290 aa  178  1e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 282 aa  173  3.9999999999999995e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  35.87 
 
 		 275 aa  167  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  34.77 
 
 		 277 aa  159  4e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  34.55 
 
 		 275 aa  159  5e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  35 
 
 		 282 aa  159  7e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  33.82 
 
 		 275 aa  155  7e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  34.4 
 
 		 293 aa  154  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  34.4 
 
 		 293 aa  154  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  34.4 
 
 		 293 aa  154  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  33.46 
 
 		 275 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  33.45 
 
 		 279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  33.45 
 
 		 279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  33.45 
 
 		 279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  33.45 
 
 		 279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  33.45 
 
 		 279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  33.45 
 
 		 279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  33.45 
 
 		 279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  33.45 
 
 		 279 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  32.45 
 
 		 281 aa  153  4e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  32.49 
 
 		 273 aa  150  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  33.2 
 
 		 278 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  32.82 
 
 		 278 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  32.82 
 
 		 278 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  32.82 
 
 		 278 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  32.82 
 
 		 278 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  31.32 
 
 		 287 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 317 aa  142  7e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 287 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 283 aa  136  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 288 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 288 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 288 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  29.81 
 
 		 283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.18 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  28.42 
 
 		 299 aa  124  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  28.98 
 
 		 283 aa  124  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 282 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  29.46 
 
 		 284 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 280 aa  114  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 279 aa  107  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 281 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 291 aa  93.2  5e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 289 aa  88.6  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 281 aa  85.5  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  31.41 
 
 		 350 aa  81.3  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  24.17 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 316 aa  80.9  0.00000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 		 283 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 283 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 283 aa  77  0.0000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  24.66 
 
 		 363 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 317 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 283 aa  75.9  0.0000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 298 aa  75.1  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 300 aa  75.1  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 307 aa  75.5  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3514  transcriptional regulator, LysR family  26.57 
 
 		 283 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3297  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 283 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 283 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3557  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 283 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.423553  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 316 aa  74.7  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 300 aa  75.1  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 283 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1664  LysR substrate-binding protein  31.47 
 
 		 288 aa  73.6  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 283 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 310 aa  73.9  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 311 aa  73.6  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 311 aa  72.4  0.000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 298 aa  72.4  0.000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3299  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 287 aa  72.4  0.000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0793122  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0055  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 297 aa  72  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000650557  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 317 aa  72  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 291 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 302 aa  70.9  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>