More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2202 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 286 aa  586  1e-166  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  94.37 
 
 		 286 aa  556  1e-157  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  95.34 
 
 		 285 aa  552  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  93.33 
 
 		 286 aa  552  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  91.76 
 
 		 282 aa  531  1e-150  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  88.89 
 
 		 289 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  88.53 
 
 		 289 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  88.53 
 
 		 289 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  88.17 
 
 		 289 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  73.74 
 
 		 290 aa  436  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  69.72 
 
 		 284 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  68.46 
 
 		 279 aa  395  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  43.66 
 
 		 297 aa  248  8e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  43.75 
 
 		 297 aa  243  1.9999999999999999e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 306 aa  238  9e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 281 aa  237  1e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 294 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  41.88 
 
 		 290 aa  230  2e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  45.29 
 
 		 275 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  42.09 
 
 		 275 aa  206  4e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  42.86 
 
 		 275 aa  205  5e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  41.82 
 
 		 275 aa  204  9e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  37.63 
 
 		 282 aa  204  1e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  41.49 
 
 		 293 aa  202  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  41.49 
 
 		 293 aa  202  5e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  41.91 
 
 		 277 aa  202  5e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  41.49 
 
 		 293 aa  202  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 282 aa  190  2e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  38.75 
 
 		 273 aa  188  8e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  41.2 
 
 		 278 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  40.15 
 
 		 278 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  40.82 
 
 		 278 aa  185  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  40.82 
 
 		 278 aa  185  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  40.82 
 
 		 278 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  40.45 
 
 		 279 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  40.45 
 
 		 279 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  40.45 
 
 		 279 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  40.45 
 
 		 279 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  40.45 
 
 		 279 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  40.45 
 
 		 279 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  40.45 
 
 		 279 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  40.45 
 
 		 279 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  40.45 
 
 		 279 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 317 aa  157  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  34.87 
 
 		 281 aa  155  7e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  32.32 
 
 		 287 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 287 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  32.84 
 
 		 283 aa  125  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 280 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 282 aa  124  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  31.82 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  29.23 
 
 		 283 aa  124  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 299 aa  123  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 288 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 288 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.72 
 
 		 288 aa  118  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 288 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 279 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 281 aa  114  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 283 aa  109  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  29.36 
 
 		 284 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 283 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 281 aa  99.4  7e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 289 aa  92.4  7e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 316 aa  82  0.00000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.81 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 308 aa  80.5  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01942  probable transcriptional regulator  30.41 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22412  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 		 350 aa  77.8  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 311 aa  77.8  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 310 aa  76.6  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5515  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4768  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.533402 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3599  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.601039  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 316 aa  75.9  0.0000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.53 
 
 		 315 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.62 
 
 		 295 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5895  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 304 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0445545 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.53 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0947  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.401348 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 317 aa  73.9  0.000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  45.12 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 311 aa  73.6  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>