More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_8398 on replicon NC_011892
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 284 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  61.07 
 
 		 300 aa  362  5.0000000000000005e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  48.24 
 
 		 283 aa  271  1e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  50.19 
 
 		 281 aa  258  9e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  40.43 
 
 		 288 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 287 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  37.76 
 
 		 287 aa  205  9e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  41.7 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.18 
 
 		 288 aa  199  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 288 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 288 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  37.23 
 
 		 283 aa  196  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 288 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 280 aa  196  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 288 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 299 aa  192  4e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 317 aa  189  4e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 282 aa  181  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 283 aa  172  6.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 279 aa  166  4e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 282 aa  130  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  29.46 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  30.62 
 
 		 284 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  28.68 
 
 		 297 aa  119  3.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 281 aa  119  6e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 294 aa  119  7e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  32.82 
 
 		 277 aa  118  9e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 281 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  31.18 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  31.18 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  30.36 
 
 		 275 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  31.18 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 289 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 289 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  29.71 
 
 		 273 aa  112  9e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 286 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  31.13 
 
 		 275 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  29.79 
 
 		 275 aa  109  5e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 285 aa  109  6e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 281 aa  108  7.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  31.92 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  28.81 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 282 aa  107  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  30.74 
 
 		 275 aa  105  8e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  26.06 
 
 		 282 aa  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  29.5 
 
 		 278 aa  99  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  28.78 
 
 		 278 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  28.78 
 
 		 278 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  28.78 
 
 		 278 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  28.78 
 
 		 278 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  28.15 
 
 		 279 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  28.15 
 
 		 279 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  28.15 
 
 		 279 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  28.15 
 
 		 279 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  28.15 
 
 		 279 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  28.15 
 
 		 279 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  27.78 
 
 		 279 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  27.78 
 
 		 279 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  27.78 
 
 		 279 aa  92.8  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.85 
 
 		 306 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5165  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 315 aa  80.1  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 307 aa  79.7  0.00000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 307 aa  79.7  0.00000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 339 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  29.95 
 
 		 339 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 339 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  30.43 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 308 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 307 aa  79  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 307 aa  79  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  35.63 
 
 		 300 aa  78.6  0.0000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 306 aa  77.4  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2224  transcriptional regulator, LysR family  33.13 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1844  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01391  hypothetical protein  33.13 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>