More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_40550 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 287 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  97.91 
 
 		 287 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  71.13 
 
 		 306 aa  427  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  69.4 
 
 		 283 aa  397  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  65.62 
 
 		 288 aa  387  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  64.93 
 
 		 288 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  64.56 
 
 		 288 aa  384  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  65.28 
 
 		 288 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  63.89 
 
 		 288 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  49.12 
 
 		 288 aa  261  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 283 aa  251  1e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 300 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 282 aa  236  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 280 aa  235  5.0000000000000005e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 317 aa  234  2.0000000000000002e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 283 aa  226  3e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  43.73 
 
 		 281 aa  225  7e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 299 aa  225  8e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  38.81 
 
 		 284 aa  211  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  40.29 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 279 aa  168  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 306 aa  145  8.000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  31.32 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  30.96 
 
 		 297 aa  142  9e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 281 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  31.34 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 283 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 282 aa  129  5.0000000000000004e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 289 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 289 aa  128  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 289 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 294 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  30.34 
 
 		 279 aa  125  7e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 286 aa  125  9e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 285 aa  124  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  31.91 
 
 		 273 aa  121  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  32.06 
 
 		 275 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  31.52 
 
 		 275 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  31.97 
 
 		 275 aa  119  6e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  34.48 
 
 		 279 aa  119  7e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  34.07 
 
 		 279 aa  119  7e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  34.07 
 
 		 279 aa  119  7e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  34.48 
 
 		 279 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 279 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  34.48 
 
 		 279 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 281 aa  119  7.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  34.48 
 
 		 279 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  34.48 
 
 		 279 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  34.48 
 
 		 279 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  31.54 
 
 		 278 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  32.57 
 
 		 278 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  32.92 
 
 		 275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  31.15 
 
 		 278 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  31.15 
 
 		 278 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  31.15 
 
 		 278 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 281 aa  114  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  25.96 
 
 		 282 aa  112  6e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  30.27 
 
 		 277 aa  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  29.83 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  29.83 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  29.83 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 297 aa  92.8  5e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 289 aa  89.7  5e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 291 aa  89.7  5e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 316 aa  87.4  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 310 aa  87.8  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  25.19 
 
 		 289 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 290 aa  87  3e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0880  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 295 aa  86.7  4e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302502 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 299 aa  86.3  6e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 292 aa  84.7  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 292 aa  85.1  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 298 aa  85.5  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1345  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0410481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1988  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  32.47 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 316 aa  82.4  0.000000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1908  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.605315  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 310 aa  82  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 319 aa  82  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.95 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 293 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.95 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.95 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>