More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0236 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  568  1e-161  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0880  LysR family transcriptional regulator  89.04 
 
 		 295 aa  485  1e-136  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302502 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  48.79 
 
 		 300 aa  245  6.999999999999999e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 297 aa  172  3.9999999999999995e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  27.02 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 307 aa  159  6e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 307 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  35.52 
 
 		 314 aa  155  6e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 318 aa  153  4e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  36.43 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 297 aa  152  5e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 294 aa  145  5e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 298 aa  146  5e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  33.1 
 
 		 332 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 308 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 290 aa  145  8.000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 311 aa  145  8.000000000000001e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 294 aa  145  9e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  25.7 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  34.04 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 297 aa  142  5e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 297 aa  142  5e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 305 aa  142  6e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1631  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 310 aa  142  7e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  32.4 
 
 		 318 aa  142  8e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 298 aa  142  9e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 297 aa  142  9e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  35.16 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  35.56 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  32.72 
 
 		 326 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 320 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  30.31 
 
 		 316 aa  139  4.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 308 aa  139  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 308 aa  139  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 334 aa  139  7e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 308 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  28.97 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  28.98 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2875  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 312 aa  136  3.0000000000000003e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  32.86 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 327 aa  136  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 327 aa  136  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 336 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 337 aa  135  8e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 327 aa  135  9e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 328 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 311 aa  134  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 298 aa  134  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 298 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 318 aa  135  9.999999999999999e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 329 aa  135  9.999999999999999e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 308 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.72 
 
 		 308 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 310 aa  133  3e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 309 aa  132  5e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 309 aa  132  5e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4699  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.2 
 
 		 296 aa  132  9e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 337 aa  131  1.0000000000000001e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  31.62 
 
 		 323 aa  131  1.0000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 326 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 320 aa  130  3e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 322 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 292 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>