More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2159 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
308 aa  635    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
308 aa  635    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  62.37 
 
 
307 aa  389  1e-107  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  59.32 
 
 
318 aa  362  6e-99  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  55.99 
 
 
314 aa  354  1e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  57.77 
 
 
312 aa  346  3e-94  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  55.74 
 
 
319 aa  344  1e-93  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  53.74 
 
 
300 aa  324  1e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  52.36 
 
 
307 aa  322  4e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  42.9 
 
 
303 aa  251  1e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
308 aa  250  2e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 
297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
303 aa  206  6e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  36.52 
 
 
298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 
298 aa  197  3e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 
304 aa  193  3e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 
298 aa  193  4e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 
304 aa  186  3e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
299 aa  186  3e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
294 aa  185  7e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
294 aa  185  9e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 
329 aa  185  9e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 
314 aa  181  1e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 
303 aa  181  1e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 
322 aa  181  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0142  transcriptional regulator, LysR family  39.2 
 
 
297 aa  180  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 
298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
334 aa  180  2.9999999999999997e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
294 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
295 aa  177  2e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
302 aa  176  5e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 
337 aa  176  5e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 
294 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0902  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 
307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 
326 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
296 aa  172  5e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 
290 aa  172  5e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
297 aa  171  1e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 
327 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 
325 aa  171  1e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 
327 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
297 aa  170  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
297 aa  170  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 
298 aa  171  2e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  35.46 
 
 
305 aa  171  2e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
301 aa  169  4e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
297 aa  169  6e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
297 aa  169  6e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 
300 aa  169  6e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 
293 aa  169  6e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
297 aa  168  1e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 
295 aa  168  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
313 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
297 aa  168  1e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
313 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
297 aa  168  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
318 aa  167  1e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
296 aa  167  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 
336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 
297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 
296 aa  166  4e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
337 aa  166  4e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 
301 aa  166  5e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 
303 aa  166  5e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
311 aa  166  6.9999999999999995e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.02 
 
 
308 aa  165  9e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
297 aa  165  9e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
296 aa  165  9e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  33.33 
 
 
316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  38.43 
 
 
293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 
308 aa  164  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
308 aa  163  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  34.77 
 
 
319 aa  163  3e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
301 aa  163  4.0000000000000004e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  34.03 
 
 
323 aa  162  5.0000000000000005e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  34.36 
 
 
296 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  35.76 
 
 
302 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
311 aa  161  2e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
296 aa  160  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
295 aa  160  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  34.38 
 
 
322 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  31.7 
 
 
322 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 
311 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  34.49 
 
 
308 aa  160  3e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  34.5 
 
 
306 aa  160  3e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  34.38 
 
 
314 aa  160  3e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  34.77 
 
 
331 aa  159  4e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  34.77 
 
 
329 aa  159  4e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
297 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0213  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 
315 aa  159  5e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.402452  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
309 aa  159  5e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
296 aa  159  7e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
326 aa  159  7e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 
308 aa  159  8e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  33.98 
 
 
314 aa  158  9e-38  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  33.1 
 
 
332 aa  158  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  33.98 
 
 
317 aa  157  1e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>