More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2158 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  593  1e-168  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 302 aa  280  2e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1737  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  0.96466 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 308 aa  215  8e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 299 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 300 aa  211  2e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0108  transcriptional regulator, LysR family  46.69 
 
 		 320 aa  210  3e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.375048 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 298 aa  202  8e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1115  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 301 aa  199  3e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 319 aa  200  3e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 295 aa  200  3e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 296 aa  195  6e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 303 aa  193  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 300 aa  192  5e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 304 aa  192  8e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 305 aa  186  6e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 318 aa  182  8.000000000000001e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  38.71 
 
 		 319 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1477  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 299 aa  179  2.9999999999999997e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.876533  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2747  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437645  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 295 aa  179  5.999999999999999e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 294 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  30.66 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 303 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 307 aa  166  5.9999999999999996e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 312 aa  166  5.9999999999999996e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 298 aa  165  9e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 309 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 315 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1631  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 322 aa  160  3e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  36.78 
 
 		 294 aa  159  4e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 301 aa  159  7e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 298 aa  158  9e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  37.26 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 311 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  30.56 
 
 		 314 aa  155  7e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  33.56 
 
 		 323 aa  155  9e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 294 aa  153  4e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.76 
 
 		 300 aa  152  7e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 337 aa  152  7e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 314 aa  152  7e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4982  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 298 aa  152  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.767822 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 		 315 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.73 
 
 		 316 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 297 aa  149  4e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 315 aa  150  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 311 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 290 aa  149  7e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 315 aa  149  8e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  30.26 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0142  transcriptional regulator, LysR family  29.03 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  30.26 
 
 		 297 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.79 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1014  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 337 aa  147  2.0000000000000003e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.1 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  29.39 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0880  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302502 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 303 aa  146  3e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  31.4 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 294 aa  147  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 311 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>