More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0262 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  579  1e-164  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  61.17 
 
 		 313 aa  343  2e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  61.17 
 
 		 313 aa  343  2e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 301 aa  303  2.0000000000000002e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 296 aa  298  7e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1969  transcriptional regulator, LysR family  55.82 
 
 		 296 aa  291  7e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  57.45 
 
 		 292 aa  289  4e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3595  LysR family transcriptional regulator  54.36 
 
 		 293 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.62395 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  58.01 
 
 		 295 aa  280  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  55.88 
 
 		 306 aa  276  3e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 299 aa  274  1.0000000000000001e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0030  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 299 aa  274  1.0000000000000001e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 295 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1347  transcriptional regulator, LysR family  53.79 
 
 		 297 aa  272  4.0000000000000004e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.98443  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0606  LysR family transcriptional regulator  53.08 
 
 		 302 aa  270  1e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.85701  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2973  LysR family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 300 aa  270  2e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  50.72 
 
 		 303 aa  258  9e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2273  transcriptional regulator LysR family  51.04 
 
 		 294 aa  258  1e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.351493  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5152  transcriptional regulator, LysR family  52.28 
 
 		 307 aa  255  7e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1873  LysR family transcriptional regulator  51.74 
 
 		 293 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.367542 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2090  LysR family transcriptional regulator  55.17 
 
 		 318 aa  243  3e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0466986 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 324 aa  240  2.9999999999999997e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0951  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 294 aa  239  4e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 314 aa  195  6e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 311 aa  194  2e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 308 aa  191  9e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 296 aa  189  4e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 308 aa  189  5e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  34.21 
 
 		 319 aa  189  5e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 308 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  34.21 
 
 		 319 aa  189  5.999999999999999e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  38.51 
 
 		 308 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 308 aa  189  7e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 308 aa  188  8e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 308 aa  188  8e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.19 
 
 		 308 aa  188  9e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 308 aa  186  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 297 aa  186  5e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 296 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.97 
 
 		 290 aa  182  6e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 294 aa  182  7e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.28 
 
 		 290 aa  179  7e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 290 aa  178  1e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 319 aa  175  6e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 304 aa  175  7e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  40 
 
 		 290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  40 
 
 		 290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  40 
 
 		 290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.93 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.81 
 
 		 293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  36.43 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.81 
 
 		 293 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.81 
 
 		 293 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.81 
 
 		 293 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.81 
 
 		 293 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.81 
 
 		 293 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  35.81 
 
 		 293 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 318 aa  172  5e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 297 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  39.57 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38480  FinR, transcriptional regulator, LysR-family  38.51 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.49 
 
 		 287 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.49 
 
 		 287 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.49 
 
 		 287 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.49 
 
 		 287 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.49 
 
 		 287 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.99 
 
 		 286 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 293 aa  166  5e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 		 307 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 296 aa  165  6.9999999999999995e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.68 
 
 		 291 aa  163  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1110  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  39.66 
 
 		 306 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000488361  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  34.86 
 
 		 308 aa  162  7e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  34.86 
 
 		 308 aa  162  7e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  36.58 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  40.74 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1501  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 268 aa  160  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205194  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1491  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.66 
 
 		 268 aa  160  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000696654  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 311 aa  161  2e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.79 
 
 		 288 aa  161  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.91 
 
 		 347 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 294 aa  157  1e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 311 aa  156  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>