More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2037 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 304 aa  607  1e-173  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2747  transcriptional regulator, LysR family  38.76 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437645  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1737  LysR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 308 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  0.96466 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 319 aa  212  7e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0108  transcriptional regulator, LysR family  42.01 
 
 		 320 aa  206  3e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.375048 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 298 aa  192  8e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1115  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 294 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 307 aa  162  7e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 295 aa  158  9e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 318 aa  156  4e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 294 aa  155  8e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 314 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 298 aa  153  4e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 296 aa  152  5e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  32.38 
 
 		 298 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 300 aa  152  8.999999999999999e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0902  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 307 aa  152  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0142  transcriptional regulator, LysR family  36.28 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1477  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.876533  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  32.49 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.02 
 
 		 292 aa  149  6e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 308 aa  149  8e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.65 
 
 		 286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.56 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 308 aa  146  3e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4982  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 298 aa  146  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.767822 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 307 aa  145  9e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.67 
 
 		 287 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.67 
 
 		 287 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.67 
 
 		 287 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.67 
 
 		 287 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.67 
 
 		 287 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.77 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 298 aa  142  6e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.41 
 
 		 347 aa  142  6e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 308 aa  142  7e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.48 
 
 		 300 aa  142  8e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 294 aa  142  9e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 305 aa  142  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 319 aa  142  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  31.97 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 304 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 308 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.96 
 
 		 293 aa  139  7.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.96 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.96 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.96 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 303 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.96 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  31.96 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.96 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3312  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.38 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.404557 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3540  transcriptional regulator, LysR family  31.68 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  30.58 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 297 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 290 aa  136  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 290 aa  136  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 290 aa  136  5e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 294 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5712  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>