More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1637 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  633    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  99.68 
 
 		 308 aa  631  1e-180  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  97.4 
 
 		 308 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  96.75 
 
 		 308 aa  616  1e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  89.94 
 
 		 308 aa  570  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  87.95 
 
 		 308 aa  558  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  87.95 
 
 		 308 aa  558  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  84.09 
 
 		 308 aa  534  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  80.78 
 
 		 308 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  80.13 
 
 		 308 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38480  FinR, transcriptional regulator, LysR-family  81.49 
 
 		 308 aa  504  9.999999999999999e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  71.34 
 
 		 308 aa  463  1e-129  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  66.56 
 
 		 308 aa  429  1e-119  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2680  transcriptional regulator, LysR family  63.96 
 
 		 308 aa  371  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.578382  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  56.68 
 
 		 307 aa  355  5e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 297 aa  305  4.0000000000000004e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1857  LysR family transcriptional regulator  52.35 
 
 		 301 aa  295  8e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110484  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.33 
 
 		 290 aa  264  1e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  44.98 
 
 		 290 aa  263  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.79 
 
 		 286 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  44.33 
 
 		 292 aa  245  6.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  43.6 
 
 		 293 aa  242  7e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.6 
 
 		 293 aa  242  7e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  43.6 
 
 		 293 aa  242  7e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.6 
 
 		 293 aa  242  7e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.6 
 
 		 293 aa  242  7e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.6 
 
 		 293 aa  242  7e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.6 
 
 		 293 aa  241  9e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.56 
 
 		 287 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.56 
 
 		 287 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.56 
 
 		 287 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.56 
 
 		 287 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.56 
 
 		 287 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.61 
 
 		 288 aa  233  2.0000000000000002e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.76 
 
 		 290 aa  233  4.0000000000000004e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.76 
 
 		 290 aa  233  4.0000000000000004e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.76 
 
 		 290 aa  233  4.0000000000000004e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  44.14 
 
 		 291 aa  233  4.0000000000000004e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 296 aa  231  8.000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1110  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  45.3 
 
 		 306 aa  229  3e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000488361  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  41.22 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.22 
 
 		 347 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1907  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 304 aa  223  2e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1501  transcriptional regulator, LysR family  43.94 
 
 		 268 aa  223  3e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205194  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1882  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 302 aa  223  3e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0108244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1491  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.94 
 
 		 268 aa  223  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000696654  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  40.89 
 
 		 296 aa  222  8e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 325 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 296 aa  218  7e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002681  transcriptional regulator LysR family  38.49 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000951441  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 		 311 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1050  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0198617  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 296 aa  216  4e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  38.62 
 
 		 291 aa  214  9.999999999999999e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3816  transcriptional regulator, LysR family  43.94 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0677379  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3312  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.04 
 
 		 317 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.404557 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3540  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 317 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03305  transcriptional regulator  38.83 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.34 
 
 		 303 aa  208  8e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  40.69 
 
 		 308 aa  207  1e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2284  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 305 aa  207  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.471609  hitchhiker  0.00164938 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5196  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 308 aa  206  5e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3997  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 323 aa  201  1.9999999999999998e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.256903  normal  0.0346423 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  40.46 
 
 		 294 aa  199  5e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0783  transcriptional regulator, LysR family protein  35.35 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2495  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.64 
 
 		 292 aa  196  6e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2531  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 300 aa  195  7e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4699  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.9 
 
 		 296 aa  195  7e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1991  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000289116  hitchhiker  0.00000179151 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1778  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000181213  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 295 aa  193  4e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2159  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 304 aa  193  4e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106739  normal  0.0959224 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2236  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 304 aa  193  4e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000156139  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2561  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 299 aa  192  5e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2404  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 298 aa  192  8e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000653141  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2367  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000294831  normal  0.0193468 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  38.67 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1501  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2325  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 302 aa  188  9e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000016984  decreased coverage  0.0000296427 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2061  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 312 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000270616  decreased coverage  0.000108776 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2013  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 312 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000207825  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1998  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 312 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000276986  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 294 aa  186  3e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2609  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000141724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2469  transcriptional regulator, LysR family protein  37.36 
 
 		 297 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.101022  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5712  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 313 aa  179  4e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 313 aa  179  4e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1631  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 291 aa  178  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.172115  normal  0.256911 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000192  transcriptional regulator LysR family  37.63 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0226889  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05922  transcriptional regulator  36.92 
 
 		 324 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1675  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2879  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417764 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2375  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>