More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0108 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_0108  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 320 aa  635    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.375048 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1737  LysR family transcriptional regulator  62.96 
 
 		 308 aa  375  1e-103  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  0.96466 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  58.92 
 
 		 319 aa  354  8.999999999999999e-97  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2747  transcriptional regulator, LysR family  44.82 
 
 		 305 aa  262  6e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437645  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  45.89 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 304 aa  218  7e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 302 aa  211  9e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1115  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  41.34 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 295 aa  170  4e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 294 aa  167  1e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 303 aa  165  9e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1477  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 299 aa  162  6e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.876533  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 298 aa  162  9e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  34.7 
 
 		 319 aa  160  2e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.79 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.79 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 303 aa  157  3e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.46 
 
 		 292 aa  156  4e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.88 
 
 		 286 aa  154  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  37.77 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.69 
 
 		 288 aa  152  8e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 294 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.52 
 
 		 308 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0902  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 307 aa  152  8.999999999999999e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 308 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.9 
 
 		 287 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.9 
 
 		 287 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.9 
 
 		 287 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.9 
 
 		 287 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.9 
 
 		 287 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 307 aa  150  3e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  32.88 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.53 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.1 
 
 		 291 aa  146  6e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 308 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 307 aa  145  8.000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.42 
 
 		 290 aa  145  8.000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.42 
 
 		 290 aa  145  8.000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.42 
 
 		 290 aa  145  8.000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  32.25 
 
 		 298 aa  142  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  34.47 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  30.93 
 
 		 314 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1501  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 268 aa  137  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205194  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1491  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.21 
 
 		 268 aa  137  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000696654  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 300 aa  136  5e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  29.1 
 
 		 319 aa  136  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 318 aa  136  5e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 314 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 319 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 297 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 297 aa  135  9e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 297 aa  135  9e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 293 aa  134  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>