More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1555 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  656    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  62.21 
 
 		 307 aa  399  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  59 
 
 		 312 aa  364  1e-99  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  59.32 
 
 		 308 aa  362  6e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  59.32 
 
 		 308 aa  362  6e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  53.22 
 
 		 319 aa  331  8e-90  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  53.36 
 
 		 314 aa  322  6e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 307 aa  307  2.0000000000000002e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.67 
 
 		 300 aa  280  3e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  42.38 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 297 aa  228  9e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  43.08 
 
 		 298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  41.7 
 
 		 298 aa  212  7.999999999999999e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  43.02 
 
 		 298 aa  208  8e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 304 aa  208  1e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  36.92 
 
 		 322 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 294 aa  192  5e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 302 aa  182  6e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 298 aa  182  9.000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0142  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 297 aa  177  3e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 297 aa  176  3e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 297 aa  176  4e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 297 aa  176  4e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 297 aa  176  5e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 303 aa  176  5e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 295 aa  175  7e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 297 aa  175  8e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  35.94 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 296 aa  172  5.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 296 aa  172  6.999999999999999e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 329 aa  172  9e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 334 aa  172  9e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  32.86 
 
 		 317 aa  171  1e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  33.22 
 
 		 314 aa  171  1e-41  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  33.57 
 
 		 319 aa  172  1e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0630  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000148774  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 337 aa  171  2e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1014  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 327 aa  169  4e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 327 aa  169  4e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  33.22 
 
 		 314 aa  169  4e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  34.28 
 
 		 323 aa  169  6e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 336 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  33.8 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 324 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 313 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  34.25 
 
 		 308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 290 aa  167  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 293 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 313 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  33.57 
 
 		 296 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 322 aa  166  5e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 326 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0959  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 296 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.269179  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  36.29 
 
 		 325 aa  166  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 295 aa  165  8e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 314 aa  165  8e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 294 aa  165  9e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0987  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.830946  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0902  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 337 aa  164  1.0000000000000001e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 301 aa  163  4.0000000000000004e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 317 aa  162  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 317 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 317 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 317 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02191  putative Rubisco transcriptional regulator  31.8 
 
 		 316 aa  162  9e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.989894 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 308 aa  162  9e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1694  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 295 aa  161  1e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1513  putative Rubisco transcriptional regulator  31.8 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  33.98 
 
 		 329 aa  161  1e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 317 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 317 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>