More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3033 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 325 aa  660    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  69.35 
 
 		 329 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3253  LysR family transcriptional regulator  70.2 
 
 		 342 aa  436  1e-121  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.202061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  58.13 
 
 		 326 aa  375  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  58.95 
 
 		 328 aa  373  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  58.11 
 
 		 317 aa  358  8e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  58.11 
 
 		 317 aa  358  8e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  58.11 
 
 		 317 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  57.77 
 
 		 317 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  58.11 
 
 		 317 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  58.11 
 
 		 317 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2957  LysR family transcriptional regulator  60.47 
 
 		 323 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.549224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  57.43 
 
 		 317 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1827  LysR family transcriptional regulator  60.88 
 
 		 317 aa  352  5e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.140863  hitchhiker  0.00393629 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  45.15 
 
 		 314 aa  269  5e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 316 aa  259  5.0000000000000005e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  42.43 
 
 		 312 aa  247  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 316 aa  245  6.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 309 aa  242  5e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 314 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 318 aa  239  5e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 327 aa  238  9e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 315 aa  236  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 315 aa  235  9e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  40.63 
 
 		 320 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 303 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  41.08 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 316 aa  231  2e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  43 
 
 		 315 aa  228  1e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  38.06 
 
 		 316 aa  228  1e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 311 aa  228  2e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 309 aa  226  6e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  42.77 
 
 		 315 aa  224  1e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  39.79 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 316 aa  222  4.9999999999999996e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 322 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 309 aa  219  5e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 308 aa  219  5e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  40.13 
 
 		 332 aa  219  6e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 322 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 322 aa  215  8e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 306 aa  215  9e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  38.44 
 
 		 318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 326 aa  213  4.9999999999999996e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 310 aa  212  5.999999999999999e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  40.34 
 
 		 302 aa  212  7.999999999999999e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  38.36 
 
 		 313 aa  209  4e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 321 aa  208  1e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  39.51 
 
 		 326 aa  205  1e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 311 aa  202  8e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 293 aa  202  8e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3919  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 320 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 310 aa  199  7e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2114  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 307 aa  199  7e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.307366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 313 aa  198  9e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5950  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 323 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00309473 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 300 aa  197  3e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  38.85 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 314 aa  196  4.0000000000000005e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 316 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 322 aa  195  7e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  37.14 
 
 		 325 aa  195  1e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  35.59 
 
 		 323 aa  193  3e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0918  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 329 aa  193  3e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.714097 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0978  LysR substrate-binding  37.92 
 
 		 329 aa  193  4e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950289 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 314 aa  193  4e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0942  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 329 aa  193  4e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2215  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 314 aa  189  5.999999999999999e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.50368 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 307 aa  187  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0852  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 317 aa  185  8e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0318  transcriptional regulator, LysR family  34.85 
 
 		 318 aa  185  8e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2283  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0424839  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 311 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.69 
 
 		 316 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 320 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 320 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 320 aa  179  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  36.11 
 
 		 316 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 311 aa  179  8e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  178  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0444  HTH-type transcriptional regulator cbbR  36.53 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0699694  normal  0.281971 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1919  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 318 aa  176  7e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.301552  normal  0.616957 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 308 aa  175  9.999999999999999e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1550  LysR, substrate-binding  35.64 
 
 		 319 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1190  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 308 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0602294 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>