More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_1091 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
300 aa  609  1e-173  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  81 
 
 
313 aa  504  9.999999999999999e-143  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  57.99 
 
 
316 aa  358  5e-98  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  57.14 
 
 
316 aa  347  1e-94  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  56.6 
 
 
314 aa  342  2.9999999999999997e-93  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  54.86 
 
 
323 aa  335  5.999999999999999e-91  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  55.36 
 
 
309 aa  333  2e-90  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  55.36 
 
 
309 aa  333  2e-90  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  55.86 
 
 
293 aa  321  7e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  52.48 
 
 
301 aa  309  2.9999999999999997e-83  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  51.86 
 
 
325 aa  297  1e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  48.96 
 
 
302 aa  294  9e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 
309 aa  280  1e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  46.08 
 
 
308 aa  280  2e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  46.08 
 
 
332 aa  280  3e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  44.41 
 
 
303 aa  279  5e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0213  transcriptional regulator, LysR family  48.12 
 
 
315 aa  279  5e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.402452  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  47.92 
 
 
326 aa  278  8e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0852  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 
317 aa  278  1e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  44.52 
 
 
301 aa  278  1e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 
311 aa  276  2e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  46.71 
 
 
318 aa  274  2.0000000000000002e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  45.61 
 
 
316 aa  272  4.0000000000000004e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  45.3 
 
 
318 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  45.97 
 
 
316 aa  265  5.999999999999999e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  44.48 
 
 
310 aa  258  9e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 
309 aa  258  9e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 
311 aa  256  4e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 
310 aa  255  5e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  43.4 
 
 
302 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 
301 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  44.1 
 
 
314 aa  252  5.000000000000001e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 
326 aa  252  6e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 
297 aa  251  7e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 
309 aa  251  8.000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1550  LysR, substrate-binding  42 
 
 
319 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  42.71 
 
 
299 aa  249  4e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 
299 aa  249  5e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  42.12 
 
 
305 aa  248  9e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 
314 aa  245  6e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
320 aa  244  9e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
313 aa  241  2e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 
315 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
315 aa  238  8e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 
316 aa  238  8e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
312 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 
307 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  39.45 
 
 
314 aa  233  2.0000000000000002e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
305 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 
300 aa  232  5e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
315 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
305 aa  231  8.000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  40.96 
 
 
315 aa  228  8e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 
320 aa  224  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.37 
 
 
316 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 
311 aa  222  6e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
308 aa  221  9.999999999999999e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0138  ndhF3 operon transcriptional regulator  43.55 
 
 
326 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184087  normal  0.45783 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 
320 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
320 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
320 aa  219  6e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
314 aa  219  6e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
320 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
327 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 
325 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
320 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 
328 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 
320 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
311 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
316 aa  210  3e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  36.68 
 
 
316 aa  208  8e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
329 aa  202  6e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 
315 aa  201  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 
326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1554  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
317 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 
309 aa  196  3e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
317 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
317 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2957  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 
323 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.549224  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
317 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
317 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
317 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3253  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
342 aa  193  3e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.202061  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
317 aa  192  6e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
322 aa  192  7e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3927  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
316 aa  191  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0151665  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
321 aa  191  2e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0693  RuBisCo operon transcriptional regulator  35.05 
 
 
325 aa  189  4e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1827  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
317 aa  189  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.140863  hitchhiker  0.00393629 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3757  rubisco operon transcriptional regulator  34.81 
 
 
330 aa  189  5e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
316 aa  189  5.999999999999999e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3442  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
332 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
307 aa  187  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
312 aa  187  2e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0896  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 
332 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3106  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
325 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0835  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
327 aa  187  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0930  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 
332 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.424192 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
322 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>