More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3755 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  654    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  88.67 
 
 		 312 aa  568  1e-161  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  69.61 
 
 		 322 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 322 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  67.3 
 
 		 322 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  66.25 
 
 		 322 aa  424  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  66 
 
 		 306 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  46.73 
 
 		 309 aa  278  7e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  45.87 
 
 		 322 aa  271  9e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2283  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 318 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0424839  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0318  transcriptional regulator, LysR family  45.07 
 
 		 318 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1919  LysR family transcriptional regulator  49.34 
 
 		 318 aa  269  5.9999999999999995e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.301552  normal  0.616957 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0444  HTH-type transcriptional regulator cbbR  47.49 
 
 		 332 aa  265  8e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0699694  normal  0.281971 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0918  transcriptional regulator, LysR family  45.51 
 
 		 329 aa  262  6.999999999999999e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.714097 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0942  transcriptional regulator, LysR family  46.05 
 
 		 329 aa  260  2e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0978  LysR substrate-binding  46.05 
 
 		 329 aa  259  3e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950289 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3919  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1190  transcriptional regulator, LysR family  42.05 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0602294 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1694  LysR family transcriptional regulator  43.61 
 
 		 309 aa  238  1e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.726812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 315 aa  237  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 316 aa  236  5.0000000000000005e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 311 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  41.2 
 
 		 316 aa  231  1e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 314 aa  229  5e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 327 aa  226  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 314 aa  226  6e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 309 aa  224  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  43.4 
 
 		 326 aa  223  3e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  40.48 
 
 		 305 aa  222  6e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 316 aa  219  5e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 309 aa  219  5e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  37.87 
 
 		 315 aa  219  6e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 310 aa  218  7.999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 316 aa  218  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  37.71 
 
 		 318 aa  216  5e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 315 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 320 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 312 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1286  RuBisCO operon transcriptional regulator, CbbR  39.94 
 
 		 310 aa  212  7e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.268984  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2945  LysR family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 310 aa  212  7e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.623955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 311 aa  211  2e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 326 aa  211  2e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2716  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 312 aa  210  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  38.67 
 
 		 325 aa  208  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 		 303 aa  208  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 309 aa  206  3e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 315 aa  207  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 320 aa  207  3e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  40.99 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 316 aa  205  9e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  40.43 
 
 		 302 aa  202  5e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 328 aa  199  6e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  36.86 
 
 		 313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2957  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 323 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.549224  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 325 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 329 aa  197  3e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 326 aa  196  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 308 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 316 aa  196  6e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1827  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 317 aa  196  7e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.140863  hitchhiker  0.00393629 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 317 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 317 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2215  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 314 aa  195  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.50368 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  33.33 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  36.73 
 
 		 332 aa  194  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 300 aa  193  4e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 305 aa  192  7e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 317 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 317 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 317 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 316 aa  190  2e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3253  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 342 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.202061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2114  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.307366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 317 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 314 aa  185  7e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5950  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 323 aa  186  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00309473 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 307 aa  185  8e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.88 
 
 		 316 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 301 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  36.79 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 311 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  35.93 
 
 		 316 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0852  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 317 aa  176  4e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>