More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_0942 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_0942  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
329 aa  661    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0978  LysR substrate-binding  99.39 
 
 
329 aa  655    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0950289 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0918  transcriptional regulator, LysR family  96.05 
 
 
329 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.714097 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  80.86 
 
 
322 aa  497  1e-140  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2283  LysR family transcriptional regulator  75.33 
 
 
318 aa  479  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0424839  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0318  transcriptional regulator, LysR family  75 
 
 
318 aa  479  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1190  transcriptional regulator, LysR family  49.5 
 
 
308 aa  298  1e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0602294 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3919  LysR family transcriptional regulator  48.18 
 
 
313 aa  280  2e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  45.25 
 
 
322 aa  278  6e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 
321 aa  278  1e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  44.74 
 
 
312 aa  276  3e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  46 
 
 
322 aa  275  7e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 
306 aa  268  8e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  44.08 
 
 
322 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  45.33 
 
 
322 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  44.85 
 
 
309 aa  248  8e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0444  HTH-type transcriptional regulator cbbR  43.48 
 
 
332 aa  248  9e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0699694  normal  0.281971 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1919  LysR family transcriptional regulator  44.94 
 
 
318 aa  246  3e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.301552  normal  0.616957 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 
315 aa  243  3e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  40.92 
 
 
314 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 
311 aa  238  1e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 
312 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
316 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  40.26 
 
 
315 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  40.87 
 
 
318 aa  234  1.0000000000000001e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1694  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 
309 aa  234  2.0000000000000002e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.726812  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  41.25 
 
 
303 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  41.25 
 
 
301 aa  233  3e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 
315 aa  232  6e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  41 
 
 
318 aa  225  9e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 
316 aa  225  9e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 
320 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  37.25 
 
 
316 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
311 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
309 aa  219  6e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 
327 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
314 aa  217  2e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2716  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
312 aa  218  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2945  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 
310 aa  216  5e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.623955  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1286  RuBisCO operon transcriptional regulator, CbbR  40.26 
 
 
310 aa  216  5e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.268984  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 
326 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
310 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 
308 aa  212  5.999999999999999e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  37.18 
 
 
315 aa  212  7e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
326 aa  212  7.999999999999999e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
328 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2215  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
314 aa  211  1e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.50368 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  41.58 
 
 
332 aa  210  3e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  39.94 
 
 
309 aa  209  5e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
320 aa  209  7e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  39.03 
 
 
325 aa  207  2e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  40.67 
 
 
302 aa  206  3e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  35.62 
 
 
323 aa  206  3e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  38 
 
 
316 aa  206  4e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  40 
 
 
302 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
329 aa  205  7e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 
301 aa  205  1e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 
317 aa  204  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 
300 aa  204  2e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
317 aa  203  4e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 
325 aa  202  6e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
317 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
317 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
317 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 
309 aa  201  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 
309 aa  201  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
305 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 
307 aa  200  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 
326 aa  199  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
317 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
317 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 
316 aa  197  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  37.92 
 
 
305 aa  196  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1827  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 
317 aa  195  9e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.140863  hitchhiker  0.00393629 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 
310 aa  194  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2114  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 
307 aa  194  2e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.307366  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2957  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
323 aa  194  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.549224  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
293 aa  193  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
314 aa  191  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 
308 aa  191  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3253  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 
342 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.202061  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  38.51 
 
 
316 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
316 aa  189  4e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  36.62 
 
 
301 aa  189  5e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 
300 aa  187  3e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1550  LysR, substrate-binding  39.04 
 
 
319 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  35.22 
 
 
313 aa  186  4e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 
311 aa  186  7e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 
311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.64 
 
 
316 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
320 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
320 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
320 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 
314 aa  182  9.000000000000001e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
320 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
320 aa  181  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
320 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 
307 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5950  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
323 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00309473 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>