More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_0873 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 325 aa  657    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  55.23 
 
 		 316 aa  345  8e-94  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  56.49 
 
 		 316 aa  344  1e-93  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  52.3 
 
 		 323 aa  331  1e-89  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 314 aa  329  4e-89  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  54.27 
 
 		 309 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  54.27 
 
 		 309 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0213  transcriptional regulator, LysR family  53.42 
 
 		 315 aa  327  3e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.402452  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0852  LysR family transcriptional regulator  52.35 
 
 		 317 aa  318  6e-86  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  53.66 
 
 		 301 aa  317  2e-85  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  54.01 
 
 		 293 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  53.04 
 
 		 311 aa  298  7e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  51.88 
 
 		 313 aa  298  1e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  51.86 
 
 		 300 aa  297  2e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  50 
 
 		 302 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  46.08 
 
 		 332 aa  278  1e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  46.08 
 
 		 308 aa  277  1e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 314 aa  277  2e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  47.46 
 
 		 326 aa  272  7e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  45.12 
 
 		 316 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 311 aa  259  6e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 318 aa  258  8e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 316 aa  258  1e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 326 aa  257  2e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0138  ndhF3 operon transcriptional regulator  48.42 
 
 		 326 aa  256  3e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184087  normal  0.45783 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  44.09 
 
 		 318 aa  256  4e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 315 aa  255  8e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 310 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 297 aa  254  2.0000000000000002e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  48.26 
 
 		 310 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 309 aa  251  8.000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  43.89 
 
 		 313 aa  251  1e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 301 aa  250  2e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 320 aa  249  4e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  46.42 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1550  LysR, substrate-binding  44.98 
 
 		 319 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  42.63 
 
 		 320 aa  240  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 309 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 320 aa  239  5e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 309 aa  238  9e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 		 299 aa  237  2e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 314 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 299 aa  236  3e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  41.95 
 
 		 314 aa  236  3e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  44.78 
 
 		 300 aa  235  6e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  40.84 
 
 		 311 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  40.25 
 
 		 327 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 316 aa  232  8.000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  41.14 
 
 		 315 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.91 
 
 		 316 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 320 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 320 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 315 aa  229  4e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 320 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 320 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 312 aa  226  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 316 aa  226  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 311 aa  225  6e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  40.58 
 
 		 316 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 308 aa  223  4.9999999999999996e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 301 aa  222  7e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 303 aa  221  9e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 320 aa  219  7e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  40.2 
 
 		 305 aa  218  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  40.26 
 
 		 315 aa  216  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 305 aa  216  5.9999999999999996e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 315 aa  211  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 306 aa  211  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1554  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 324 aa  208  1e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5950  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 323 aa  206  5e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00309473 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3442  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 332 aa  203  4e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 322 aa  202  5e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 329 aa  202  6e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0930  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 332 aa  202  7e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.424192 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0896  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 332 aa  202  7e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 322 aa  202  7e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0920  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 332 aa  202  8e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3083  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 356 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 328 aa  200  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3757  rubisco operon transcriptional regulator  38.14 
 
 		 330 aa  199  6e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0693  RuBisCo operon transcriptional regulator  38.91 
 
 		 325 aa  197  3e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2283  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 318 aa  196  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0424839  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 307 aa  196  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 322 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0866  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 325 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 317 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3106  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 325 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 309 aa  196  6e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0835  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 327 aa  195  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0918  transcriptional regulator, LysR family  39.03 
 
 		 329 aa  195  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.714097 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 322 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  37.14 
 
 		 325 aa  195  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 317 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0942  transcriptional regulator, LysR family  39.03 
 
 		 329 aa  194  3e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 317 aa  193  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>