More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0852 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0852  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  652    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0213  transcriptional regulator, LysR family  57.84 
 
 		 315 aa  370  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.402452  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  52.35 
 
 		 325 aa  318  5e-86  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  47.19 
 
 		 316 aa  301  7.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 293 aa  296  3e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  47 
 
 		 309 aa  290  2e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  47 
 
 		 309 aa  290  2e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  47.16 
 
 		 323 aa  290  2e-77  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 316 aa  290  3e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 301 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 314 aa  280  2e-74  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  44.63 
 
 		 300 aa  278  1e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  45.15 
 
 		 302 aa  276  3e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  43.14 
 
 		 313 aa  271  8.000000000000001e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  44.93 
 
 		 332 aa  271  1e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  44.93 
 
 		 308 aa  271  1e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 309 aa  264  2e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 311 aa  262  6.999999999999999e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  44.04 
 
 		 316 aa  258  6e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 314 aa  258  8e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 318 aa  256  3e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 313 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 309 aa  248  7e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 326 aa  248  9e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  42.11 
 
 		 299 aa  246  3e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 315 aa  246  3e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 299 aa  246  4.9999999999999997e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 314 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 301 aa  242  7.999999999999999e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 297 aa  240  2.9999999999999997e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 303 aa  239  5.999999999999999e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 301 aa  239  5.999999999999999e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 309 aa  238  6.999999999999999e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  41.81 
 
 		 318 aa  237  2e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  40.92 
 
 		 315 aa  235  6e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 315 aa  231  9e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 310 aa  231  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 312 aa  230  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 311 aa  230  2e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 315 aa  231  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 316 aa  229  6e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  37.87 
 
 		 314 aa  228  1e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  40.54 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1550  LysR, substrate-binding  37.92 
 
 		 319 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 310 aa  224  2e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 320 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 326 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 316 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 320 aa  218  1e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 311 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 300 aa  217  2.9999999999999998e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0138  ndhF3 operon transcriptional regulator  39.14 
 
 		 326 aa  216  4e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184087  normal  0.45783 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 320 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 308 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 320 aa  212  9e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 320 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 320 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 327 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 316 aa  210  3e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 305 aa  209  6e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.43 
 
 		 316 aa  208  8e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  37.2 
 
 		 316 aa  206  5e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 307 aa  205  7e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  36.27 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 311 aa  203  4e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 320 aa  199  7e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 328 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 314 aa  189  8e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 317 aa  186  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 317 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 317 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 317 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 329 aa  185  8e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  34.43 
 
 		 325 aa  185  8e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 322 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3083  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 356 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3442  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0930  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 332 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.424192 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 312 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0896  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0920  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 317 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 317 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5950  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 323 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00309473 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2283  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 318 aa  179  7e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0424839  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0693  RuBisCo operon transcriptional regulator  34.77 
 
 		 325 aa  178  9e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 326 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 322 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 321 aa  176  4e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 316 aa  176  4e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0318  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2957  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.549224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1554  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3253  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 342 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.202061  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>