More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0693 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0693  RuBisCo operon transcriptional regulator  100 
 
 		 325 aa  663    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3757  rubisco operon transcriptional regulator  69.06 
 
 		 330 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3442  LysR family transcriptional regulator  69.18 
 
 		 332 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0896  LysR family transcriptional regulator  69.18 
 
 		 332 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0930  LysR family transcriptional regulator  68.87 
 
 		 332 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.424192 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0835  LysR family transcriptional regulator  69.18 
 
 		 327 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3083  LysR family transcriptional regulator  69.06 
 
 		 356 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0920  transcriptional regulator, LysR family  68.87 
 
 		 332 aa  457  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0866  LysR family transcriptional regulator  68.55 
 
 		 325 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3106  LysR family transcriptional regulator  68.55 
 
 		 325 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 313 aa  223  3e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 316 aa  206  4e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 309 aa  206  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  34.59 
 
 		 323 aa  202  5e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 299 aa  200  3.9999999999999996e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  38.77 
 
 		 314 aa  199  7e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 325 aa  197  3e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  35.67 
 
 		 318 aa  195  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 316 aa  194  2e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 326 aa  194  3e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 311 aa  193  4e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 310 aa  192  6e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  39.15 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 315 aa  189  4e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 300 aa  189  5e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 320 aa  189  5.999999999999999e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  36.04 
 
 		 303 aa  189  8e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 293 aa  189  8e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 314 aa  188  1e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  36.13 
 
 		 308 aa  188  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  36.04 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  36.13 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  36.99 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 311 aa  187  3e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 301 aa  185  9e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 318 aa  185  9e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  35.25 
 
 		 316 aa  182  8.000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  34.19 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 316 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  36.65 
 
 		 326 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 314 aa  180  4e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0852  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 317 aa  178  9e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 314 aa  178  9e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  36.04 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0138  ndhF3 operon transcriptional regulator  37.01 
 
 		 326 aa  176  4e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184087  normal  0.45783 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0213  transcriptional regulator, LysR family  35.83 
 
 		 315 aa  176  6e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.402452  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 315 aa  175  8e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 320 aa  175  8e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 327 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 322 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 322 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 322 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 309 aa  172  9e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 322 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 315 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  31.8 
 
 		 305 aa  169  6e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3919  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 313 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 312 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 320 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 312 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 316 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 311 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 305 aa  164  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 325 aa  164  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 311 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 322 aa  161  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  32.2 
 
 		 316 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2215  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 314 aa  162  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.50368 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.82 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 320 aa  161  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 320 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1827  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 317 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.140863  hitchhiker  0.00393629 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 329 aa  160  4e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 321 aa  159  8e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 326 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2114  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.307366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3253  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 342 aa  157  3e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.202061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2957  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 323 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.549224  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 320 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 320 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2283  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0424839  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 320 aa  156  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1190  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 308 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0602294 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0318  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 318 aa  153  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0444  HTH-type transcriptional regulator cbbR  34.49 
 
 		 332 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0699694  normal  0.281971 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 328 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0918  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 329 aa  149  5e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.714097 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1694  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 309 aa  149  6e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.726812  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>