More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1694 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1694  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  608  1e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.726812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2716  LysR family transcriptional regulator  54.9 
 
 		 312 aa  326  3e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1286  RuBisCO operon transcriptional regulator, CbbR  54.25 
 
 		 310 aa  322  7e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.268984  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2945  LysR family transcriptional regulator  54.25 
 
 		 310 aa  322  7e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.623955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0444  HTH-type transcriptional regulator cbbR  50.81 
 
 		 332 aa  311  7.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0699694  normal  0.281971 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  48.16 
 
 		 306 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  43.61 
 
 		 321 aa  238  9e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  43.89 
 
 		 322 aa  235  8e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 312 aa  235  9e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2283  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 318 aa  231  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0424839  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1919  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 318 aa  230  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.301552  normal  0.616957 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0318  transcriptional regulator, LysR family  40.86 
 
 		 318 aa  228  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 322 aa  226  6e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 322 aa  223  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 322 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3919  LysR family transcriptional regulator  43.61 
 
 		 313 aa  220  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0918  transcriptional regulator, LysR family  42.19 
 
 		 329 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.714097 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0942  transcriptional regulator, LysR family  42.19 
 
 		 329 aa  218  7e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0978  LysR substrate-binding  42.19 
 
 		 329 aa  218  1e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950289 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 322 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 315 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 316 aa  205  6e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1190  transcriptional regulator, LysR family  37.21 
 
 		 308 aa  205  9e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0602294 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 327 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 320 aa  195  9e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 314 aa  193  3e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 303 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  37.11 
 
 		 316 aa  189  5.999999999999999e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 301 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 316 aa  186  4e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 318 aa  186  5e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  36.9 
 
 		 318 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 326 aa  179  4.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  38.31 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  36.21 
 
 		 332 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 314 aa  172  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  35.94 
 
 		 315 aa  170  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  38.46 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 320 aa  170  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 328 aa  170  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  40.81 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 311 aa  169  5e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 309 aa  169  5e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 315 aa  169  5e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 325 aa  169  5e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 		 310 aa  169  7e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 316 aa  166  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 326 aa  163  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 320 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 316 aa  162  6e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 309 aa  161  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 309 aa  161  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.79 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 311 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 320 aa  158  9e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2215  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 314 aa  157  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.50368 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 309 aa  156  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 329 aa  156  4e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  35.77 
 
 		 325 aa  156  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 314 aa  156  4e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  35.21 
 
 		 316 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 311 aa  155  9e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 320 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 313 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 320 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 320 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  36.62 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1827  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 317 aa  151  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.140863  hitchhiker  0.00393629 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 317 aa  149  5e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0693  RuBisCo operon transcriptional regulator  31.58 
 
 		 325 aa  149  5e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 299 aa  149  8e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 314 aa  148  9e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  32.36 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5950  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00309473 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0930  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 332 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.424192 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 307 aa  147  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0920  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 332 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2114  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.307366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3442  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 332 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  30.51 
 
 		 323 aa  146  4.0000000000000006e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0896  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 332 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  33.01 
 
 		 326 aa  146  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>