More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_2790 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  634    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  76.74 
 
 		 314 aa  481  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  77.08 
 
 		 315 aa  483  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  76.74 
 
 		 315 aa  481  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 		 316 aa  478  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  74.01 
 
 		 312 aa  476  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  76.72 
 
 		 315 aa  476  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  55.59 
 
 		 311 aa  338  8e-92  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  51.84 
 
 		 326 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  48.81 
 
 		 316 aa  297  1e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 		 318 aa  292  4e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 309 aa  290  3e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 314 aa  289  4e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  49.49 
 
 		 303 aa  285  5.999999999999999e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  49.49 
 
 		 301 aa  285  7e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  48.46 
 
 		 302 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  48.82 
 
 		 318 aa  282  4.0000000000000003e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 316 aa  282  5.000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 301 aa  272  6e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  45.18 
 
 		 320 aa  270  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  43.69 
 
 		 316 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  42.52 
 
 		 323 aa  269  4e-71  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 316 aa  267  2e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 327 aa  265  5e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 305 aa  265  5.999999999999999e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 316 aa  263  4e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 305 aa  262  6e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 293 aa  260  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  42.28 
 
 		 309 aa  258  9e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  42.28 
 
 		 309 aa  258  9e-68  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  44.25 
 
 		 326 aa  257  1e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  44.25 
 
 		 310 aa  258  1e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 300 aa  257  1e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 311 aa  257  2e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 315 aa  256  3e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  42.32 
 
 		 313 aa  256  5e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 320 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  44.18 
 
 		 308 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  44.18 
 
 		 332 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  43.49 
 
 		 300 aa  251  8.000000000000001e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  44.64 
 
 		 305 aa  251  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 314 aa  246  3e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 307 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2114  LysR family transcriptional regulator  46.49 
 
 		 307 aa  244  9.999999999999999e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.307366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5950  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 323 aa  243  3e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00309473 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  42.57 
 
 		 325 aa  242  5e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 329 aa  241  1e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0852  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 317 aa  238  6.999999999999999e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 		 325 aa  238  9e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 307 aa  236  4e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  41.41 
 
 		 302 aa  235  8e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  41.2 
 
 		 301 aa  232  7.000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 309 aa  231  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 311 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0213  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 315 aa  227  2e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.402452  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 314 aa  226  3e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  41.67 
 
 		 316 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1550  LysR, substrate-binding  42.71 
 
 		 319 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  40.47 
 
 		 310 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 311 aa  225  9e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 322 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 321 aa  224  2e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 328 aa  223  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 		 322 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.07 
 
 		 316 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2215  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 314 aa  222  7e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.50368 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 322 aa  222  7e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3253  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 342 aa  221  8e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.202061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2283  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 318 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0424839  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 322 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 322 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 308 aa  219  6e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 326 aa  219  6e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0318  transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 		 318 aa  219  7e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3919  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 313 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 299 aa  215  7e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  36.42 
 
 		 299 aa  215  9e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2957  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 323 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.549224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1190  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0602294 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 320 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1919  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.301552  normal  0.616957 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 317 aa  212  7e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 320 aa  211  9e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 320 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 320 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 317 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 317 aa  208  8e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 317 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 317 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 315 aa  207  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 317 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 317 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1827  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 317 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.140863  hitchhiker  0.00393629 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 320 aa  206  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 309 aa  206  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 320 aa  206  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 316 aa  206  5e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>