More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3919 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3919  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  624  1e-178  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  48.52 
 
 		 322 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0318  transcriptional regulator, LysR family  47.19 
 
 		 318 aa  282  5.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2283  LysR family transcriptional regulator  47.19 
 
 		 318 aa  279  4e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0424839  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0918  transcriptional regulator, LysR family  48.84 
 
 		 329 aa  269  4e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.714097 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0978  LysR substrate-binding  48.18 
 
 		 329 aa  265  5.999999999999999e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950289 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0942  transcriptional regulator, LysR family  48.18 
 
 		 329 aa  265  7e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1190  transcriptional regulator, LysR family  46.73 
 
 		 308 aa  257  2e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0602294 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  46.2 
 
 		 322 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 322 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  46 
 
 		 322 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 322 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 306 aa  245  6.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 312 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 309 aa  240  2e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0444  HTH-type transcriptional regulator cbbR  44.48 
 
 		 332 aa  232  6e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0699694  normal  0.281971 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  39.54 
 
 		 316 aa  229  3e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 314 aa  226  3e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 318 aa  226  3e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 311 aa  223  2e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1919  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 318 aa  223  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.301552  normal  0.616957 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 314 aa  222  6e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1694  LysR family transcriptional regulator  43.61 
 
 		 309 aa  220  3e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.726812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2716  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 312 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  38.03 
 
 		 315 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 316 aa  216  5.9999999999999996e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 315 aa  215  8e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2945  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.623955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1286  RuBisCO operon transcriptional regulator, CbbR  41.04 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.268984  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 315 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 315 aa  213  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 316 aa  206  6e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  39.26 
 
 		 318 aa  205  8e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 326 aa  204  1e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 316 aa  203  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 325 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  39.87 
 
 		 326 aa  200  3e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 320 aa  199  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 329 aa  199  7e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 317 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 317 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 317 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2215  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.50368 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  35.12 
 
 		 323 aa  196  4.0000000000000005e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 317 aa  195  7e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 317 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 317 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 311 aa  193  3e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  37.71 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 317 aa  193  4e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 303 aa  193  4e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 309 aa  191  9e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1827  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.140863  hitchhiker  0.00393629 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 316 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3253  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 342 aa  190  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.202061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 328 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 308 aa  189  5e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 327 aa  189  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  35.58 
 
 		 326 aa  189  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  37.5 
 
 		 332 aa  188  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 316 aa  186  3e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2114  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.307366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  37.42 
 
 		 325 aa  186  4e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 309 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 309 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2957  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 323 aa  182  7e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.549224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 320 aa  182  8.000000000000001e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 293 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  37.37 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0138  ndhF3 operon transcriptional regulator  39.29 
 
 		 326 aa  178  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184087  normal  0.45783 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.11 
 
 		 316 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  34.33 
 
 		 300 aa  176  6e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  34.68 
 
 		 313 aa  175  8e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 311 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 299 aa  172  3.9999999999999995e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  38.75 
 
 		 302 aa  172  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 314 aa  172  5.999999999999999e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 299 aa  172  7.999999999999999e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 313 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1550  LysR, substrate-binding  35.74 
 
 		 319 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 307 aa  169  8e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0693  RuBisCo operon transcriptional regulator  35.36 
 
 		 325 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 320 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 320 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 320 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0852  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 317 aa  165  8e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>