More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5348 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  653    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  97.5 
 
 		 320 aa  640    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  99.69 
 
 		 320 aa  652    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  94.69 
 
 		 320 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  86.94 
 
 		 320 aa  558  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  82.41 
 
 		 311 aa  522  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  81.41 
 
 		 316 aa  522  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  75.24 
 
 		 316 aa  487  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  74.18 
 
 		 311 aa  474  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  73.08 
 
 		 320 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  73.7 
 
 		 315 aa  459  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1554  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 324 aa  281  1e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 311 aa  260  2e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3927  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 316 aa  259  5.0000000000000005e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0151665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  40.26 
 
 		 323 aa  251  1e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1550  LysR, substrate-binding  42.76 
 
 		 319 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  39.25 
 
 		 316 aa  238  8e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 316 aa  238  9e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 318 aa  238  1e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 320 aa  237  2e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 309 aa  235  6e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 309 aa  235  6e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  41.64 
 
 		 318 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  41.58 
 
 		 302 aa  232  5e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 311 aa  231  1e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  43.1 
 
 		 326 aa  230  3e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 326 aa  229  6e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 		 325 aa  228  1e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 309 aa  227  2e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 300 aa  225  6e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 308 aa  225  8e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  41.38 
 
 		 332 aa  225  9e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  42.41 
 
 		 302 aa  225  9e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 315 aa  223  4e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 316 aa  222  6e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 314 aa  222  8e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  40.74 
 
 		 315 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  39.71 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 301 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 293 aa  220  3e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 312 aa  217  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  36.55 
 
 		 313 aa  215  7e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0213  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 315 aa  215  8e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.402452  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 327 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 316 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  40.38 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0852  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 317 aa  212  9e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 320 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 309 aa  210  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 309 aa  209  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 314 aa  207  2e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 316 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 315 aa  204  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 316 aa  204  2e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 317 aa  200  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 305 aa  199  7e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  35.19 
 
 		 314 aa  198  9e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 317 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 328 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 317 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 317 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 317 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 317 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 317 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  37.98 
 
 		 326 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 329 aa  190  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 316 aa  186  6e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 325 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 322 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4312  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 307 aa  182  6e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0433194 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2957  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 323 aa  182  7e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.549224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3253  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 342 aa  178  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.202061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1827  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 317 aa  176  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.140863  hitchhiker  0.00393629 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 321 aa  175  9e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5950  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 323 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00309473 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0918  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 329 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.714097 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0978  LysR substrate-binding  36.81 
 
 		 329 aa  172  5e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950289 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0942  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 329 aa  171  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 312 aa  168  1e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1919  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 318 aa  167  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.301552  normal  0.616957 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3919  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 322 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2215  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 314 aa  165  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.50368 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>