More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1550 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1550  LysR, substrate-binding  100 
 
 		 319 aa  650    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 308 aa  281  8.000000000000001e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  45.08 
 
 		 308 aa  278  1e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  45.08 
 
 		 332 aa  276  2e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 293 aa  271  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  45.97 
 
 		 313 aa  267  1e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 311 aa  261  1e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 316 aa  257  2e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  46.34 
 
 		 316 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  44.79 
 
 		 309 aa  253  3e-66  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  44.79 
 
 		 309 aa  253  3e-66  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  41.04 
 
 		 316 aa  252  7e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  45.43 
 
 		 326 aa  252  7e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  42 
 
 		 300 aa  249  4e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  44.67 
 
 		 302 aa  249  4e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 309 aa  247  2e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 314 aa  246  3e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  42.07 
 
 		 323 aa  245  8e-64  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 318 aa  245  9e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 326 aa  243  3e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  44.98 
 
 		 325 aa  241  1e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 310 aa  241  1e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  45.21 
 
 		 315 aa  239  2.9999999999999997e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 320 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 320 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  44.93 
 
 		 302 aa  239  4e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 320 aa  239  4e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 320 aa  239  5e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  43.26 
 
 		 301 aa  239  5e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  43.45 
 
 		 311 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 320 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  43.73 
 
 		 305 aa  239  6.999999999999999e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 311 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  43.64 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  43.64 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  43.79 
 
 		 316 aa  235  7e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 311 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0213  transcriptional regulator, LysR family  43.1 
 
 		 315 aa  234  1.0000000000000001e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.402452  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.49 
 
 		 316 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 320 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 320 aa  231  1e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  45.36 
 
 		 310 aa  231  1e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 301 aa  229  4e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 309 aa  226  4e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  43.3 
 
 		 315 aa  226  6e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0852  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 317 aa  224  1e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 300 aa  223  2e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 307 aa  222  7e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  40.82 
 
 		 318 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 312 aa  219  6e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1554  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 324 aa  218  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 316 aa  217  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 315 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 314 aa  216  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 315 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 315 aa  215  7e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 316 aa  214  9.999999999999999e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 314 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 327 aa  211  9e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 307 aa  210  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 299 aa  209  7e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 320 aa  205  6e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 313 aa  205  9e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 309 aa  204  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 316 aa  199  7e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4312  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 307 aa  189  8e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0433194 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 316 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 297 aa  186  5e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3927  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 316 aa  181  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0151665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0138  ndhF3 operon transcriptional regulator  40.14 
 
 		 326 aa  180  2e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184087  normal  0.45783 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0978  LysR substrate-binding  39.04 
 
 		 329 aa  179  8e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950289 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0918  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 329 aa  179  8e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.714097 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0942  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 329 aa  178  9e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2114  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.307366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 329 aa  178  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 322 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 321 aa  176  5e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1919  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 318 aa  176  7e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.301552  normal  0.616957 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 328 aa  175  8e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 322 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5950  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 323 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00309473 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 325 aa  174  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  34.01 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 322 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3919  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 313 aa  172  7.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2283  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 318 aa  170  4e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0424839  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0318  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 318 aa  169  8e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 322 aa  169  8e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1190  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0602294 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 317 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 317 aa  165  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 317 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 317 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>