More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_1443 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  608  1e-173  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 308 aa  257  1e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 297 aa  223  4e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 314 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  38.36 
 
 		 314 aa  218  7e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 307 aa  215  9e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  40.22 
 
 		 322 aa  206  4e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 		 308 aa  206  5e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 		 308 aa  206  5e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 295 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 318 aa  196  5.000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 300 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 298 aa  193  2e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 295 aa  192  9e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 312 aa  187  2e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.58 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 319 aa  185  8e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 290 aa  182  8.000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 294 aa  182  8.000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 297 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 297 aa  178  9e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 297 aa  178  1e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 294 aa  178  1e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 297 aa  178  1e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  176  3e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 294 aa  175  9e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  34.86 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 296 aa  172  5e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 304 aa  172  5e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 293 aa  172  6.999999999999999e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 299 aa  172  9e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 308 aa  170  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 322 aa  169  4e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 296 aa  169  7e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2350  transcriptional regulator, LysR family  32.24 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.11 
 
 		 293 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.11 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.11 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  32.11 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.11 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.11 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.11 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.53 
 
 		 290 aa  166  5e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  31.27 
 
 		 314 aa  166  5.9999999999999996e-40  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.19 
 
 		 290 aa  163  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  30.93 
 
 		 317 aa  162  6e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.31 
 
 		 308 aa  162  9e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 297 aa  162  9e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  30.58 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 329 aa  161  1e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 334 aa  161  1e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 327 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.76 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 327 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  31.27 
 
 		 322 aa  160  4e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.19 
 
 		 287 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.19 
 
 		 287 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.19 
 
 		 287 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.19 
 
 		 287 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.19 
 
 		 287 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  30.93 
 
 		 319 aa  159  6e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0606  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 302 aa  159  6e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.85701  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 324 aa  159  7e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 298 aa  159  8e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 301 aa  158  8e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  29.57 
 
 		 336 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>