More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4369 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 324 aa  642    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  54.48 
 
 		 296 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 301 aa  258  1e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1969  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 296 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 313 aa  246  4e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 313 aa  246  4e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2273  transcriptional regulator LysR family  48.63 
 
 		 294 aa  246  4.9999999999999997e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.351493  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 292 aa  245  8e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0951  LysR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 294 aa  242  6e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  47.55 
 
 		 299 aa  241  1e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0030  LysR family transcriptional regulator  47.55 
 
 		 299 aa  241  2e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  54.09 
 
 		 295 aa  239  4e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3595  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 293 aa  239  5e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.62395 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 295 aa  238  1e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  50.19 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2973  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  47.43 
 
 		 303 aa  229  6e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 294 aa  228  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1347  transcriptional regulator, LysR family  48.46 
 
 		 297 aa  226  4e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.98443  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5152  transcriptional regulator, LysR family  45.24 
 
 		 307 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2090  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0466986 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0606  LysR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 302 aa  218  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.85701  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1873  LysR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 293 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.367542 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  35.53 
 
 		 319 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 319 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  41.9 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 296 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 318 aa  167  2e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 307 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  35.62 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 294 aa  160  3e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 303 aa  159  7e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  36.45 
 
 		 319 aa  157  3e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 296 aa  153  5e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 307 aa  153  5e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.69 
 
 		 290 aa  152  8.999999999999999e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 294 aa  152  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.86 
 
 		 292 aa  152  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.14 
 
 		 286 aa  151  2e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.12 
 
 		 290 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1907  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.12 
 
 		 290 aa  151  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.12 
 
 		 290 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 297 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.01 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  36.79 
 
 		 296 aa  149  5e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 297 aa  146  5e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 322 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  32.3 
 
 		 291 aa  145  9e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 325 aa  145  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0284  LysR substrate-binding protein  28.87 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  34.69 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  32.99 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1050  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 308 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0198617  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4699  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.2 
 
 		 296 aa  143  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 308 aa  142  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  38.22 
 
 		 294 aa  143  5e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  40.53 
 
 		 302 aa  142  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 297 aa  142  7e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.82 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 		 297 aa  142  8e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 		 297 aa  142  8e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 312 aa  142  9.999999999999999e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  32.64 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 		 297 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.31 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 303 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  32.64 
 
 		 314 aa  140  3.9999999999999997e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  32.2 
 
 		 308 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 299 aa  139  6e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 293 aa  139  7e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 308 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1110  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.78 
 
 		 306 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000488361  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 304 aa  139  8.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 304 aa  139  8.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.01 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>