More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0902 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0902  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 307 aa  624  1e-178  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  53.06 
 
 		 298 aa  327  2.0000000000000001e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0142  transcriptional regulator, LysR family  53.61 
 
 		 297 aa  309  4e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  50.68 
 
 		 298 aa  304  9.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 298 aa  303  2.0000000000000002e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  50.34 
 
 		 298 aa  301  9e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  45.86 
 
 		 307 aa  254  2.0000000000000002e-66  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4982  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 		 298 aa  202  4e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.767822 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0437  LysR family transcriptional regulator  57.71 
 
 		 181 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  37.46 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 307 aa  175  7e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  34.64 
 
 		 307 aa  168  8e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 302 aa  168  8e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.15 
 
 		 300 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1737  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  0.96466 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 319 aa  162  7e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  31.48 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 304 aa  152  1e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 294 aa  149  6e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 294 aa  147  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0630  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 299 aa  143  4e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000148774  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 297 aa  143  4e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0478  transcriptional regulator, LysR family  31.39 
 
 		 290 aa  142  5e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0101609  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2747  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437645  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 295 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 304 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  35.86 
 
 		 308 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0108  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 320 aa  139  7e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.375048 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 318 aa  138  8.999999999999999e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  32.49 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0352  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 307 aa  135  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  32.72 
 
 		 293 aa  136  6.0000000000000005e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 312 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  29.61 
 
 		 303 aa  135  9e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  31.85 
 
 		 318 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0379  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 305 aa  132  5e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 315 aa  132  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 326 aa  132  6e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0370  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 307 aa  132  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.442789  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 305 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 311 aa  132  7.999999999999999e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03305  transcriptional regulator  29.07 
 
 		 305 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  29.6 
 
 		 322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 300 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.9 
 
 		 292 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 327 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 327 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.37 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.37 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.37 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.37 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.37 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  30.37 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.37 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.31 
 
 		 287 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.31 
 
 		 287 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>