More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0114 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  600  1.0000000000000001e-171  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 293 aa  186  4e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 290 aa  173  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 294 aa  159  5e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 294 aa  155  6e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  35.41 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 316 aa  152  8e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  34.81 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  32.95 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.91 
 
 		 300 aa  149  5e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3540  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 317 aa  146  5e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  34.81 
 
 		 308 aa  144  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 314 aa  143  3e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.02 
 
 		 292 aa  142  4e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 296 aa  142  5e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1347  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.98443  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  31.76 
 
 		 316 aa  142  8e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5712  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 301 aa  142  9e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3312  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.99 
 
 		 317 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.404557 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  33.22 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0902  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  142  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  31.51 
 
 		 318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  34.36 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  32 
 
 		 305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  36.29 
 
 		 313 aa  139  4.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.14 
 
 		 286 aa  139  4.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 296 aa  139  6e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 297 aa  139  7e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.89 
 
 		 347 aa  139  7e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 298 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  33 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.25 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.25 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  31.85 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.56 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0951  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.25 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  31.4 
 
 		 302 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.99 
 
 		 287 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.99 
 
 		 287 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.99 
 
 		 287 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.99 
 
 		 287 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.99 
 
 		 287 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 296 aa  135  8e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 295 aa  135  8e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 296 aa  135  9e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  135  9e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  32.5 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 307 aa  133  3e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 311 aa  134  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 318 aa  133  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  30.68 
 
 		 298 aa  132  5e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 326 aa  132  6.999999999999999e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>