More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1347 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_1347  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 297 aa  587  1e-167  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.98443  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 301 aa  310  1e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  55.33 
 
 		 296 aa  294  2e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  60.64 
 
 		 295 aa  291  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 313 aa  289  5.0000000000000004e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 313 aa  289  5.0000000000000004e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  53.79 
 
 		 294 aa  271  9e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1969  transcriptional regulator, LysR family  54.36 
 
 		 296 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 292 aa  261  8e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3595  LysR family transcriptional regulator  52.26 
 
 		 293 aa  258  6e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.62395 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  52.22 
 
 		 306 aa  249  5e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2973  LysR family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 300 aa  245  8e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 299 aa  244  1.9999999999999999e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0030  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 299 aa  243  1.9999999999999999e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  45.15 
 
 		 295 aa  239  5e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 324 aa  238  6.999999999999999e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0951  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 294 aa  237  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  48.67 
 
 		 303 aa  236  4e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1873  LysR family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 293 aa  235  7e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.367542 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5152  transcriptional regulator, LysR family  49.14 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2090  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 318 aa  223  4e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0466986 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2273  transcriptional regulator LysR family  46.18 
 
 		 294 aa  222  4.9999999999999996e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.351493  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0606  LysR family transcriptional regulator  48.8 
 
 		 302 aa  221  9e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.85701  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  39.81 
 
 		 314 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  35.46 
 
 		 319 aa  193  3e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 319 aa  193  4e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 296 aa  169  4e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  37.24 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 308 aa  156  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.79 
 
 		 290 aa  156  3e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.78 
 
 		 290 aa  156  4e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 296 aa  156  4e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 298 aa  155  6e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 297 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.5 
 
 		 347 aa  155  7e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 308 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 298 aa  155  8e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 308 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.91 
 
 		 292 aa  152  5e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.9 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 308 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 308 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.71 
 
 		 287 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.71 
 
 		 287 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.71 
 
 		 287 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.71 
 
 		 287 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.71 
 
 		 287 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  38.76 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 308 aa  149  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.6 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.6 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.6 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.6 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.6 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  34.6 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.26 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 297 aa  147  3e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1857  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110484  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 318 aa  144  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.25 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.49 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  34.02 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 291 aa  143  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.53 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1110  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  38.21 
 
 		 306 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000488361  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 293 aa  139  6e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 302 aa  139  7e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5712  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 301 aa  138  8.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0284  LysR substrate-binding protein  28.76 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0783  transcriptional regulator, LysR family protein  30.1 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>