More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1679 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  577  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3595  LysR family transcriptional regulator  71.08 
 
 		 293 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.62395 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1969  transcriptional regulator, LysR family  70.03 
 
 		 296 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1873  LysR family transcriptional regulator  70.34 
 
 		 293 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.367542 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 313 aa  325  5e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 313 aa  325  5e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 296 aa  325  7e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  60.28 
 
 		 301 aa  325  7e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  59.07 
 
 		 295 aa  298  1e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  56.79 
 
 		 294 aa  290  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5152  transcriptional regulator, LysR family  54.01 
 
 		 307 aa  278  9e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  51.42 
 
 		 295 aa  277  1e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0030  LysR family transcriptional regulator  51.77 
 
 		 299 aa  277  2e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  51.77 
 
 		 299 aa  277  2e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  52.52 
 
 		 303 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2090  LysR family transcriptional regulator  57.49 
 
 		 318 aa  269  2.9999999999999997e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0466986 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0606  LysR family transcriptional regulator  54.36 
 
 		 302 aa  267  2e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.85701  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1347  transcriptional regulator, LysR family  53.47 
 
 		 297 aa  263  2e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.98443  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2973  LysR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 300 aa  264  2e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  52.96 
 
 		 306 aa  261  8e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 324 aa  259  2e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2273  transcriptional regulator LysR family  48.61 
 
 		 294 aa  246  3e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.351493  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0951  LysR family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 294 aa  243  3e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  41.76 
 
 		 314 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  37.87 
 
 		 319 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 319 aa  215  5e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 296 aa  175  7e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 297 aa  172  3.9999999999999995e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  36.61 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 293 aa  161  9e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.36 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 308 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 308 aa  159  7e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 296 aa  157  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  37.99 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  28.07 
 
 		 296 aa  156  3e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 308 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 308 aa  155  8e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 297 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  34.47 
 
 		 316 aa  152  7e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  35.84 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.93 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 318 aa  150  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  31.88 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  31.88 
 
 		 317 aa  149  7e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 322 aa  148  8e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  32.21 
 
 		 314 aa  149  8e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 308 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 308 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  33.11 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  33 
 
 		 331 aa  147  2.0000000000000003e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  31.54 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 294 aa  146  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  32.32 
 
 		 329 aa  146  4.0000000000000006e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 299 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 297 aa  145  6e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 293 aa  145  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.09 
 
 		 290 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 309 aa  145  8.000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  33.6 
 
 		 314 aa  145  9e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  31.88 
 
 		 314 aa  145  9e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  29.81 
 
 		 298 aa  145  9e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.72 
 
 		 292 aa  144  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.98 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.98 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.4 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.98 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.69 
 
 		 347 aa  142  5e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4699  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.8 
 
 		 296 aa  142  6e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.74 
 
 		 290 aa  142  6e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  34.78 
 
 		 298 aa  142  8e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 325 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  37.55 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38480  FinR, transcriptional regulator, LysR-family  36.27 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  38.98 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1778  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 298 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000181213  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>