More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0951 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0951  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  576  1.0000000000000001e-163  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 296 aa  253  3e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  55.16 
 
 		 295 aa  245  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 301 aa  243  3.9999999999999997e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 324 aa  242  5e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  48.14 
 
 		 313 aa  241  1e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  48.14 
 
 		 313 aa  241  1e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1969  transcriptional regulator, LysR family  50.87 
 
 		 296 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 295 aa  228  6e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3595  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 293 aa  228  8e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.62395 
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0030  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 292 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 294 aa  225  8e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1347  transcriptional regulator, LysR family  47.78 
 
 		 297 aa  224  9e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.98443  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5152  transcriptional regulator, LysR family  47 
 
 		 307 aa  223  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2090  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 318 aa  215  7e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0466986 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  47.21 
 
 		 306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1873  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 293 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.367542 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2973  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 300 aa  203  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0606  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.85701  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2273  transcriptional regulator LysR family  41.67 
 
 		 294 aa  192  8e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.351493  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  34.54 
 
 		 319 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  34.54 
 
 		 319 aa  182  7e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 311 aa  177  1e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  41.32 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 294 aa  155  9e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.01 
 
 		 290 aa  154  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.93 
 
 		 290 aa  154  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  35.4 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.1 
 
 		 292 aa  152  5e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.35 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.35 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.35 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.45 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.12 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 308 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 298 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 308 aa  149  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  149  6e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1110  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  37.29 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000488361  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 297 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.67 
 
 		 286 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  35.86 
 
 		 296 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 287 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.45 
 
 		 293 aa  145  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 287 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 287 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 287 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 287 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.11 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  33.11 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.11 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.11 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.11 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.11 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 297 aa  143  4e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  34.17 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 296 aa  142  7e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 297 aa  142  7e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  31.31 
 
 		 291 aa  142  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 299 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1857  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110484  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002681  transcriptional regulator LysR family  30.82 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000951441  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 325 aa  138  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  31.4 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 308 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 299 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  34.5 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>