More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3595 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3595  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  587  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.62395 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1873  LysR family transcriptional regulator  79.52 
 
 		 293 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.367542 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1969  transcriptional regulator, LysR family  76.37 
 
 		 296 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  71.08 
 
 		 292 aa  394  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 301 aa  312  4.999999999999999e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  55.05 
 
 		 313 aa  307  2.0000000000000002e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  55.05 
 
 		 313 aa  307  2.0000000000000002e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  56.1 
 
 		 296 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  54.36 
 
 		 294 aa  282  5.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 295 aa  277  1e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  54.71 
 
 		 295 aa  276  3e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  50.71 
 
 		 299 aa  271  6e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0030  LysR family transcriptional regulator  50.71 
 
 		 299 aa  271  7e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  53.9 
 
 		 306 aa  267  2e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2973  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 300 aa  265  8e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  49.46 
 
 		 303 aa  261  8e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5152  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 307 aa  259  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1347  transcriptional regulator, LysR family  51.54 
 
 		 297 aa  259  4e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.98443  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0606  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 302 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.85701  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2273  transcriptional regulator LysR family  49.83 
 
 		 294 aa  252  6e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.351493  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 324 aa  251  9.000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2090  LysR family transcriptional regulator  52.43 
 
 		 318 aa  248  6e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0466986 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0951  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 294 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 311 aa  235  6e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  43.94 
 
 		 319 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  43.6 
 
 		 319 aa  233  3e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  43.3 
 
 		 314 aa  225  6e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 296 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 297 aa  171  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  36.07 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  38.33 
 
 		 296 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 308 aa  159  8e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 297 aa  158  9e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  36.92 
 
 		 294 aa  155  8e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  33.97 
 
 		 319 aa  155  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.61 
 
 		 290 aa  152  5e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  35.11 
 
 		 323 aa  152  7e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.89 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  33.21 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.99 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  35.11 
 
 		 331 aa  150  3e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 308 aa  150  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 297 aa  149  5e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 290 aa  149  6e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.25 
 
 		 292 aa  148  8e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  38.35 
 
 		 298 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.35 
 
 		 347 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  33.21 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  33.97 
 
 		 329 aa  147  2.0000000000000003e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.15 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.2 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.2 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.2 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  32.06 
 
 		 317 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 307 aa  145  6e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 307 aa  145  9e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  32.58 
 
 		 316 aa  144  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38480  FinR, transcriptional regulator, LysR-family  36.43 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.6 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  34.8 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  34.5 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 297 aa  142  8e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  30.99 
 
 		 298 aa  142  9e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 337 aa  142  9.999999999999999e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.53 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2350  transcriptional regulator, LysR family  30.52 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>