More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3233 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 306 aa  603  9.999999999999999e-173  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  62.37 
 
 		 301 aa  359  3e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  59.04 
 
 		 296 aa  335  5.999999999999999e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  61.21 
 
 		 295 aa  312  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 313 aa  291  9e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 313 aa  291  9e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  53.24 
 
 		 294 aa  285  7e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  48.29 
 
 		 295 aa  275  7e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3595  LysR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 293 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.62395 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 292 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  48.95 
 
 		 299 aa  270  2e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0030  LysR family transcriptional regulator  48.95 
 
 		 299 aa  270  2e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  50.9 
 
 		 303 aa  267  2e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1969  transcriptional regulator, LysR family  52.61 
 
 		 296 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1347  transcriptional regulator, LysR family  51.71 
 
 		 297 aa  266  4e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.98443  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5152  transcriptional regulator, LysR family  51.22 
 
 		 307 aa  263  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2973  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 300 aa  256  3e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  48 
 
 		 324 aa  253  3e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2273  transcriptional regulator LysR family  48.43 
 
 		 294 aa  244  9.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.351493  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0606  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.85701  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1873  LysR family transcriptional regulator  52.26 
 
 		 293 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.367542 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0951  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 294 aa  235  6e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2090  LysR family transcriptional regulator  48.18 
 
 		 318 aa  228  9e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0466986 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 311 aa  217  2e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  41.57 
 
 		 314 aa  201  9e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 319 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 319 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 308 aa  188  1e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 296 aa  186  3e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 297 aa  186  5e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 303 aa  186  6e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  34.09 
 
 		 314 aa  179  5.999999999999999e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.97 
 
 		 290 aa  176  4e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 297 aa  176  5e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.58 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.74 
 
 		 290 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.58 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.58 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.58 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  37.58 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.58 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.58 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.6 
 
 		 290 aa  172  5.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.6 
 
 		 290 aa  172  5.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.6 
 
 		 290 aa  172  5.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 308 aa  172  9e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 308 aa  172  9e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 314 aa  170  3e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.9 
 
 		 291 aa  168  9e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.74 
 
 		 286 aa  168  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  39.36 
 
 		 296 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.37 
 
 		 287 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.37 
 
 		 287 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.37 
 
 		 287 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.37 
 
 		 287 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.37 
 
 		 287 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.49 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 290 aa  161  1e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 308 aa  161  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1501  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 268 aa  160  3e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205194  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1491  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.59 
 
 		 268 aa  160  3e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000696654  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 305 aa  160  4e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.71 
 
 		 288 aa  159  5e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 322 aa  156  4e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 337 aa  156  4e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 295 aa  155  5.0000000000000005e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 337 aa  155  6e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 308 aa  155  6e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  40.84 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1857  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110484  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 334 aa  150  2e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.53 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 329 aa  150  3e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>