More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1873 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1873  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  587  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.367542 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3595  LysR family transcriptional regulator  80.34 
 
 		 293 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.62395 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  70.34 
 
 		 292 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1969  transcriptional regulator, LysR family  72.07 
 
 		 296 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  57.84 
 
 		 301 aa  313  1.9999999999999998e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  55.4 
 
 		 313 aa  303  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  55.4 
 
 		 313 aa  303  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  55.82 
 
 		 296 aa  299  4e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  51.09 
 
 		 295 aa  278  1e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0030  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 299 aa  275  9e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 299 aa  275  1.0000000000000001e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  54.71 
 
 		 295 aa  269  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  51.74 
 
 		 294 aa  268  8.999999999999999e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 303 aa  261  1e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1347  transcriptional regulator, LysR family  53.12 
 
 		 297 aa  258  7e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.98443  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  53.7 
 
 		 306 aa  258  8e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2973  LysR family transcriptional regulator  50.54 
 
 		 300 aa  258  1e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5152  transcriptional regulator, LysR family  50.87 
 
 		 307 aa  251  7e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2090  LysR family transcriptional regulator  52.96 
 
 		 318 aa  248  1e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0466986 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0606  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 302 aa  245  6e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.85701  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 324 aa  245  6.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2273  transcriptional regulator LysR family  48.19 
 
 		 294 aa  245  8e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.351493  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0951  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 294 aa  241  7e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  44.83 
 
 		 314 aa  229  5e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 311 aa  226  3e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 319 aa  219  5e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  40.83 
 
 		 319 aa  219  6e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 296 aa  183  3e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 296 aa  176  4e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 294 aa  159  5e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 308 aa  155  6e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  34.05 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2350  transcriptional regulator, LysR family  32.1 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 296 aa  151  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 307 aa  150  4e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.17 
 
 		 290 aa  149  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 308 aa  149  5e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 308 aa  149  5e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 308 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 297 aa  149  6e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 308 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 308 aa  148  8e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.45 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.06 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  35.54 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.09 
 
 		 292 aa  145  6e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 294 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 297 aa  145  9e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.13 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.13 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.13 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.01 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  31.68 
 
 		 319 aa  143  4e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  33.71 
 
 		 331 aa  142  5e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 294 aa  142  6e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 		 296 aa  142  7e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 297 aa  142  7e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 297 aa  142  9e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  32.97 
 
 		 329 aa  142  9e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 297 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 322 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.81 
 
 		 287 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.81 
 
 		 287 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  34.41 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.81 
 
 		 287 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.81 
 
 		 287 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.81 
 
 		 287 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  31.9 
 
 		 323 aa  140  3.9999999999999997e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 298 aa  139  3.9999999999999997e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  30.92 
 
 		 314 aa  139  7e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 297 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  35.13 
 
 		 298 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.13 
 
 		 347 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>