More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_2090 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_2090  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  616  1e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0466986 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0606  LysR family transcriptional regulator  60.69 
 
 		 302 aa  306  3e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.85701  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  58.97 
 
 		 296 aa  301  8.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  57.49 
 
 		 292 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 		 295 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  51.37 
 
 		 299 aa  281  1e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0030  LysR family transcriptional regulator  51.37 
 
 		 299 aa  281  1e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 295 aa  277  2e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  52.41 
 
 		 313 aa  274  1.0000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  52.41 
 
 		 313 aa  274  1.0000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 301 aa  271  1e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  55.17 
 
 		 294 aa  267  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3595  LysR family transcriptional regulator  52.43 
 
 		 293 aa  262  6e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.62395 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1969  transcriptional regulator, LysR family  54.17 
 
 		 296 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 303 aa  250  2e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2973  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 300 aa  248  7e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 324 aa  246  3e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2273  transcriptional regulator LysR family  48.43 
 
 		 294 aa  246  3e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.351493  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1347  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 297 aa  244  1.9999999999999999e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.98443  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5152  transcriptional regulator, LysR family  50.51 
 
 		 307 aa  243  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0951  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 294 aa  240  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1873  LysR family transcriptional regulator  52.96 
 
 		 293 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.367542 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 306 aa  231  9e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 311 aa  218  7e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  36.63 
 
 		 319 aa  209  6e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 319 aa  208  9e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  39.34 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 293 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 290 aa  162  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 318 aa  162  6e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  35.18 
 
 		 307 aa  162  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.95 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 303 aa  159  5e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.58 
 
 		 286 aa  159  6e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.53 
 
 		 300 aa  157  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  32.5 
 
 		 314 aa  156  4e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 308 aa  156  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  40.83 
 
 		 302 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 297 aa  155  7e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 296 aa  155  8e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  34.02 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  28.17 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 297 aa  153  5e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.93 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.13 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.93 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.93 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 297 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.15 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 308 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 308 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  33.45 
 
 		 291 aa  149  7e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  33.77 
 
 		 308 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 298 aa  149  8e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  37.59 
 
 		 296 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 311 aa  149  8e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 329 aa  148  1.0000000000000001e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.14 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 309 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 309 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1050  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0198617  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 298 aa  146  5e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 298 aa  146  6e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 334 aa  145  7.0000000000000006e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  36.52 
 
 		 302 aa  145  8.000000000000001e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 297 aa  145  9e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1110  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  38.73 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000488361  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1857  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110484  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 337 aa  144  3e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  33.33 
 
 		 331 aa  143  3e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  31.35 
 
 		 300 aa  142  8e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 293 aa  142  9e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 327 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0902  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  30.95 
 
 		 319 aa  142  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 327 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  33.95 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>