More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_4548 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
295 aa  560  1e-158  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  73.31 
 
 
296 aa  407  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  64.63 
 
 
301 aa  349  3e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 
313 aa  307  1.0000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 
313 aa  307  1.0000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  61.71 
 
 
306 aa  305  4.0000000000000004e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1347  transcriptional regulator, LysR family  60.47 
 
 
297 aa  301  1e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.98443  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  59.23 
 
 
292 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1969  transcriptional regulator, LysR family  55.21 
 
 
296 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  55.2 
 
 
303 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  57.04 
 
 
294 aa  281  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3595  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 
293 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.62395 
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  51.4 
 
 
299 aa  279  4e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0030  LysR family transcriptional regulator  51.4 
 
 
299 aa  279  4e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0606  LysR family transcriptional regulator  56.55 
 
 
302 aa  279  4e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.85701  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  48.29 
 
 
295 aa  273  3e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2273  transcriptional regulator LysR family  54.01 
 
 
294 aa  271  8.000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.351493  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2090  LysR family transcriptional regulator  58.7 
 
 
318 aa  269  4e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0466986 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5152  transcriptional regulator, LysR family  53.31 
 
 
307 aa  265  7e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177814  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0951  LysR family transcriptional regulator  53.74 
 
 
294 aa  264  1e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  53.45 
 
 
324 aa  259  4e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2973  LysR family transcriptional regulator  51.22 
 
 
300 aa  257  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1873  LysR family transcriptional regulator  54.01 
 
 
293 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.367542 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 
311 aa  228  7e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 
319 aa  209  4e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 
319 aa  209  4e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  39.48 
 
 
314 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 
297 aa  188  8e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  36.77 
 
 
314 aa  188  1e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 
319 aa  181  1e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 
308 aa  179  7e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 
308 aa  179  7e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.05 
 
 
300 aa  176  4e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
318 aa  176  4e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
308 aa  175  7e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.25 
 
 
290 aa  175  7e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.51 
 
 
292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.77 
 
 
286 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.95 
 
 
290 aa  170  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.65 
 
 
290 aa  170  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.65 
 
 
290 aa  170  3e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.65 
 
 
290 aa  170  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 
307 aa  170  3e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 
307 aa  169  4e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
296 aa  169  7e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 
293 aa  168  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
298 aa  167  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
308 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 
308 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
302 aa  166  4e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 
303 aa  166  5e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.18 
 
 
308 aa  165  8e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
294 aa  165  8e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  39.92 
 
 
294 aa  162  6e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  35.74 
 
 
308 aa  162  9e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  40.43 
 
 
296 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 
296 aa  161  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
308 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  42.41 
 
 
297 aa  160  2e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
297 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
308 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
296 aa  159  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
290 aa  159  5e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 
303 aa  158  9e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 
307 aa  158  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
297 aa  158  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.15 
 
 
291 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
308 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
308 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4699  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.56 
 
 
296 aa  156  4e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
308 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  35.37 
 
 
308 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
297 aa  155  7e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.92 
 
 
293 aa  155  8e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  35.92 
 
 
293 aa  155  8e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.92 
 
 
293 aa  155  8e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.92 
 
 
293 aa  155  8e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.92 
 
 
293 aa  155  8e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.92 
 
 
293 aa  155  8e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
337 aa  155  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.56 
 
 
293 aa  155  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
334 aa  155  1e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 
296 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
329 aa  153  2.9999999999999998e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 
304 aa  153  4e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  40.8 
 
 
304 aa  153  4e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 
297 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 
304 aa  152  7e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 
304 aa  152  8e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
308 aa  152  8e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.6 
 
 
288 aa  152  8e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  39.3 
 
 
294 aa  151  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.83 
 
 
287 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.83 
 
 
287 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.83 
 
 
287 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.83 
 
 
287 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 
312 aa  150  2e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.83 
 
 
287 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
325 aa  151  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>